Франц Антон Шифнер родился в Ревеле. Его отец был купцом, вследствие бедности выселившимся в молодых годах из Богемии в Россию, где скоро поправил свое состояние. Антно Шифнер в 1831 г. поступил в 3 класс школы при главном ревельском соборе (Ritter- und Domschule), а в 1836 г., окончив в ней курс, поступил в С.-Петербургский университет на юридический факультет, где окончил курс с званием кандидата прав в 1840 г., после чего посвятил себя лингвистике и 6 лет изучал филологию и восточные языки в Берлинском университете.
Шифнеру принадлежит ряд ценных работ по изучению кавказских и финно-угорских языков, а также тибетского языка и литературы. В 1852 г. он напечатал поправки и дополнения к изданному академиком Я. И. Шмидтом собранию тибетских легенд под заглавием: «Dsangblun» (Сутра о мудрости и глупости), поэму «Vimalapra?nottararatnamala» (1858), тибетский текст «Bharatae responsa» (с латинским переводом, 1875). Им же переведён и издан с предисловием В. П. Васильева труд Таранатхи «История буддизма» (Geschichte des Buddismus in Indien, СПб., 1869) и ряд грамматических и историко-литературных этюдов под заглавием «Tibetische Studien»; после его смерти напечатано «Tibetan Tales derived from indian sources» (Л., 1882).
Ему также принадлежит ряд напечатанных в изданиях академии наук исследований о татском (1856), абхазском (1862), чеченском (1864) и казикумухском (1866) языках и собрание сказаний минусинских татар (1859).
В 1853-62 гг. под его редакцией и с его примечаниями напечатано академическое издание отчетов М. А. Кастрена о путешествиях на север России и в Сибирь. Кроме того, Шифнер перевёл на немецкий язык финский эпос «Калевала»; (1852).