Патассе был первым президентом ЦАР, избранным путём демократических выборов (1993), которые были проведены режимом президента Колингбы под давлением ООН и других международных организаций. Патассе был переизбран на пост президента на выборах 1999 года.
Тем не менее во время первого срока пребывания Патассе в должности (1993—1999) произошли три военных мятежа в 1996—1997 годах и обострился конфликт между так называемыми «северянами» (в число которых входил Патассе) и «южанами» (к которым принадлежал его предшественник Андре Колингба).
Во время второго президентского срока Патассе потерял поддержку многих своих давних союзников, а также Франции, которая вмешивалась, чтобы поддержать его во время первого срока.
Патассе был свергнут в марте 2003 года и проживал в изгнании в Того. Скончался 5 апреля 2011 года в Камеруне.