За свою деятельность неоднократно был судим. В результате последнего показательного процесса был осужден на 5 лет тюремного заключения и умер в лагере. Дандарон оставил ряд учеников, в том числе среди буддологов.
Отцом Дандарона был лама-философ Доржи Бадмаев. В детстве Дандарон посещал монастырскую школу, где изучал тибетский язык, санскрит и буддизм. Мальчик был признан перерождением хамбо-ламы Джаягсы-гэгэна, настоятеля комплекса Кумбум в Тибете, посетившего Бурятию в 1894-м и 1910 годах.
В июле 1921 года духовный лидер бурятских буддистов Лубсан-Сандан Цыденов, провозгласивший в 1919—1920 на землях хоринских бурят теократическое государство, передал Дандарону титул Царя Учения — Дхармараджи.
В 1934—1937 Дандарон учился в Авиаприборостроительном институте в Ленинграде и был вольнослушателем Восточного факультета ЛГУ, где по рекомендации Агвана Доржиева изучал тибетский язык у А. И. Вострикова.
3 июня 1937 года Дандарон был арестован и осуждён на 10 лет, освобождён 4 февраля 1943, 10 ноября 1948 он был повторно арестован, реабилитирован в 1956. В лагерях он познакомился с европейской философией, так, его старшим товарищем стал профессор философии В. Э. Сеземан.
В лагерях Дандарон приобрёл первых учеников, среди них были два немца и поляк Кокошка. Перед выходом из лагеря Кокошка сделал ложный перелом руки и, спрятав под гипс листы рукописи Дандарона «Необуддизм», вывез её на Запад. Основной идеей рукописи был синтез буддийского учения гелуг с современной европейской философией и наукой.
Между отсидками Дандарон вместе с ламой Падма-Доржи написал ходатайство Сталину о возрождении буддийских монастырей в Бурятии. На письмо последовала быстрая реакция: в 1946 году возродился Агинский дацан, в 40 км от Улан-Удэ началось строительство Иволгинского дацана.
После 1956 года сотрудники Института Востоковедения в Ленинграде пытались устроить его на работу разбирать рукописи, но руководство не дало согласия. Дандарон жил в Ленинграде и Москве полулегально, не имея шансов найти работу.
В 1957 году Дандарон устроился работать научным сотрудником Бурятского института общественных наук.
В 1958—1959 годах Дандарон составил тибетско-русский словарь на 15 тысяч слов, а также «Тибетско-русский словарь философских терминов».
Вокруг Дандарона сформировалась община, в которую входили несколько десятков человек из Петербурга, Москвы, Тарту, Вильнюса. Некоторые из его учеников работали в Восточном отделе Музея истории религии и атеизма (Казанский собор). Сотрудники музея регулярно ездили в Бурятию в археологические экспедиции.
В Ленинграде Дандарон создал буддийскую общину, за что в 1972 году был арестован и обвинен в «организации буддийской секты». Вместе с ним были арестованы его четверо учеников, у остальных взяли подписку о невыезде. В Москве были допрошены известные востоковеды О. Ф. Волкова и А. М. Пятигорский (московский Институт востоковедения АН СССР) – ученики Дандарона, из Эстонии вызвали Л. Э. Мялля. Привлекались также востоковеды Ю. М. Парфионович, Б. И. Кузнецов, В. И. Рудой. Следствие пыталось организовать большой антибуддийский процесс со многими обвиняемыми, но отсутствовали доказательства обвинения, и властям нежелательна была огласка происходившего в научных кругах СССР и за границей. Перед Волковой и Пятигорским извинились, незаконно отобранные материалы были возвращены. Некоторые ученики Дандарона - А. Железнов и Ю. Лавров из Улан-Удэ, В. М. Монтлевич из Ленинграда, Д. Буткус из Вильнюса - были заключены в психбольницы. Остальных освободили, уволив с работы.
Судили одного Дандарона. Адвокаты Н. Я. Немеринская и Н. Я. Герасименко настаивали на полной невиновности Дандарона. По настоянию прокурора Байбородина Дандарон был приговорен к 5 годам лагерей общего режима.
Дандарон был отправлен в поселок Выдрино на южном берегу Байкала. В лагере он написал серию писем ученикам, в которых продолжил синтез буддизма с современными представлениями о мироустройстве, — «Черную тетрадь». Рукопись была конфискована при обыске в лагере.
В октябре 1974 года Дандарон не раз уходил в самадхи. Он предупреждал сидевших с ним, чтобы в это время его не трогали, и сокамерники к этому привыкли. Однажды он объявил о семидневном «уходе»: «не будет дыхания и сердце не будет биться». И он действительно ушел 26 октября 1974 года.
В 1997 г. ученик Дандарона Ю. К. Лавров организовал поездку в Выдрино и извлечение праха Учителя из могилы. В течение года прах хранился на родине Дандарона в Кижинге. На вершине горы Тэбхэр Майла в тайге в 15 км от с. Кижинга в долине р. Кудун началось строительство ступы Дандарона. Строительство велось силами последователей традиции Дандарона, жителями Кижинги, Улан-Удэ и приехавшими учениками учеников Дандарона из Москвы, Санкт-Петербурга, Харькова, Кременчуга и Челябинска с 1997 по 2005 годы.
Место для ступы было выбрано в ста метрах от руин ступы, которую в 1966 г. строил своему отцу Агвану Синам Тузол Доржи сам Б. Д. Дандарон (она была разрушена советской администрацией). В 1998 г. на этом месте был захоронен прах Дандарона. В апреле 2002 г. умер автор проекта ступы Ю. К. Лавров. 15 октября 2003 г. водружен купол сферы Ступы. В Москве Нестором Парастаевым была изготовлена сваямбха внешней ступы (луна сделана в виде лодки, солнце как шар, а объемное бинду — с тремя изгибами). 15 июля 2004 г. сваямбха была водружена на шпиль Ступы. Рисунок глаз был выполнен Елены Макаровой в 2005 году. 18 июля 2005 года была завершена покраска Ступы. К этому времени на гору съехались родственники Дандарона и жители Кижинги и Усть-Орота — вместе со строителями около семидесяти человек. Был проведён ритуал Сокшод и праздничное пиршество.