Борис Ротенберг родился 3 января 1957 года в Ленинграде.
В 1968 году записался в секцию самбо к Анатолию Рахлину, где уже тренировались его старший брат Аркадий и Владимир Путин. В молодости выступал за сборную города, был неоднократным призёром чемпионатов СССР и Кубков СССР среди юношей и молодёжи. В 1974 году становится мастером спорта по дзюдо, в 1980 году — мастером спорта по борьбе самбо.
В 1978 году окончил Ленинградский институт физической культуры и спорта им. П. Ф. Лесгафта.
В 1992 году становится тренером профессионального клуба дзюдо «Чикара» в Хельсинки.
В 1998 году вернулся в Петербург.
В 2001 году, вместе с братом основал СМП Банк («Северный морской путь»). Позже, получили контроль над частью активов ФГУП «Росспиртпром».
С 2001 года — генеральный директор Общества спортивных единоборств «Отечество».
В 2003 году зарегистрировал в Москве две фирмы по одному адресу в Коломенском проезде — «База-торг» и «Поставка».
В 2003—2004 годах был младшим партнером концерна в компании «Газтагед» (25 % через «База-торг»), через которую шли закупки труб для «Газпрома». Оборот компании составлял около 1 млрд долларов США. В 2005 году директор по корпоративным исследованиям компании Hermitage Capital Management Вадим Клейнер в своем докладе назвал несколько посредников, которые получали непонятные преференции от «Газпрома», где в качестве посредника по операциям с трубами для «Газпрома» был назван «Газтагед».
Фирма «Поставка» в 2008 году находилась в процессе ликвидации, ранее владела горно-алтайской компанией «Сибгазимпэкс» (на 25 %; ликвидирован в 2007 году), остальные 75 % компании контролировала «Газкомплектимпэкс» (дочка «Газпрома»).
В 2008 году, Борис вместе с братом приобрёл 10 % акций Новороссийского морского торгового порта, выкупили у «Газпрома» пять строительных подразделений («Волгогаз», «Ленспецстройгаз», «Спецгазремстрой», «Волгограднефтемаш» и «Краснодаргазстрой»), создав корпорацию «Стройгазмонтаж».
В 2009 году депутат Госдумы Ашот Егиазарян называл Бориса Ротенберга одним из совладельцев отеля «Москва», вокруг которого развернулась ожесточенная борьба — контроль над ним пытаются установить структуры Сулеймана Керимова.
В 2009-м году Ротенберги упоминались в роли партнеров девелоперской компании «МСМ-5», выигравшей тендер Минобороны на строительство 225 000 м?$4жилья в Московской области.
В начале 2010 года, подконтрольные Аркадию и Борису Ротенбергам компании подали в Федеральную антимонопольную службу заявку на приобретение трейдера «Северный европейский трубный проект», крупного поставщика труб «Газпрому», который, как планируется, будет поставлять трубы для газопровода «Северный поток».
Разведён, бывшая жена Ирина Харанен — финская гражданка, генеральный директор фирмы Anirina OY (Хельсинки), управляющий директор фирмы «Николь» (Санкт-Петербург).
Двое сыновей — Роман (работает в Управлении внешних коммуникаций «Газпром Экспорт») и Борис (род. 1986 году; футболист, гражданин Финляндии).
Брат — Аркадий Ротенберг, компаньон Бориса. Его сын Игорь Ротенберг (род. 1970 году) — директор Департамента имущества ОАО «Российские железные дороги».
Входит в рейтинг журнала Forbes с 2010 года, занимая 100 место с состоянием 700 млн долларов США. В 2011 году занимал 170 место в рейтинге «Богатейшие бизнесмены России», с состоянием 550 млн $.
В Рейтинге российских миллиардеров 2010 года, по данным журнала Финанс занимает 81 место с состоянием 930 млн долларов США.