До сентября 2008 года был профессором кафедры социальной антропологии Российского государственного социального университета.
Окончил географический факультет МГУ (1979) и заочную аспирантуру Института этнографии АН СССР, где в 1986 г. защитил диссертацию на соискание степени кандидата исторических наук по специальности «Этнография, этнология и антропология» по теме «Британская метаэтническая общность за пределами Британских островов».
В 1992 году на филологическом факультете МГУ защитил диссертацию на соискание степени доктора филологических наук по теме «Творческая история романа Михаила Булгакова „Мастер и Маргарита“» (первая докторская диссертация по Булгакову в России и СССР).
Автор 60 книг по отечественной истории и филологии, в том числе энциклопедий «Булгаков» и «Гоголь», книг "Расшифрованный Булгаков: Тайны «Мастера и Маргариты», «Тайны русских писателей», «Моя книга о Владимире Сорокине», «Михаил Булгаков: Загадки судьбы», «Михаил Булгаков: Загадки творчества», биографий Михаила Булгакова, Сергея Есенина, маршалов Тухачевского и Жукова, Берии и Сталина, Гитлера и Гиммлера, Инессы Арманд и Надежды Крупской; книг «Вторая мировая: факты и версии», «Тайны Второй мировой», «Тайны финской войны», «Сто великих войн», «Сто великих политиков», «Оккупация: правда и миф», «Россия: Удачи минувшего века» (в соавторстве), «Буденный», «Врангель», «Рокоссовский» и др. Книги Б. В. Соколова переведены на польский, японский, латышский и эстонский языки. Он автор нескольких сотен научных статей, в том числе переведённых на иностранные языки.
Борис Соколов является одним из экспертов фильма «The Soviet Story», который вызвал неоднозначные оценки и обвинения в манипуляциях и фальсификациях.
C 17 сентября 2008 года перестал работать в РГСУ. Согласно интерпретации событий, представленной самим Соколовым, после публикации 19 августа 2008 года в «Газете» (хозяин газеты — Владимир Лисин, владелец Новолипецкого металлургического комбината) статьи под названием «Проиграл ли Саакашвили» с подзаголовком «Итоги войны в Грузии не так однозначны, как их рисует официальная пропаганда». В данной статье Соколов утверждает, что Россия все равно нашла бы другой повод, чтобы провести военную операцию против Грузии, даже если бы не было грузинского удара по Цхинвали. В случае, если бы Грузия не напала на Цхинвали, то, по мнению Соколова, Россия смогла бы разыграть другой сценарий и захватить Тбилиси за одни сутки. Автор провозглашает действия Саакашвили «не только вполне рациональными, но и единственно возможными для его спасения». С точки зрения автора статьи, «Саакашвили решил упредить потенциального противника и начать войну в день начала Олимпиады, на котором присутствовал российский премьер, в то время как российский президент отдыхал на Волге. В результате российские войска вместо того, чтобы немедленно вторгнуться в Грузию, вынуждены были в течение двух дней отбивать у грузин Цхинвали». После этого «грузинская армия явно по заранее разработанному плану быстро отошла в район Тбилиси». В целом, победу в конфликте автор отдаёт полностью Грузии, у которой «шансы на вступление в НАТО теперь высоки как никогда», в то же время Россия со всех точек зрения проиграла. После выхода такой статьи руководство университета потребовало его увольнения по собственному желанию. По утверждениям Соколова, это произошло после звонков в ректорат университета из администрации президента. Статья «Проиграл ли Саакашвили?» была удалена с сайта газеты.
В марте 2010 г. подписал обращение российской оппозиции «Путин должен уйти».
Деятельность Б. Соколова вызвала резкую критику со стороны некоторых историков и литераторов.
Так, Борис Жутовский в своей книге описывает крупную ссору, произошедшую между Б. Соколовым и Львом Разгоном по поводу того, что в своей книге («Энциклопедия Булгаковская», стр. 153—154) Соколов опубликовал информацию о том, что Г. И. Бокий завел на своей даче бордель, куда втянул и двух своих юных дочерей.. (Одна из дочерей Бокия была женой Л. Разгона)
Ряд историков, социологов и публицистов считают, что работы Б. Соколова не имеют исторической достоверности и ненаучны. Соколов оценил общее число погибших советских военнослужащих в 1941—1945 гг. в 26,4 млн. человек, при этом немцы на восточном фронте потеряли всего 2,6 млн. (то есть соотношение потерь 10:1). Академик РАН Геннадий Осипов охарактеризовал Б. В. Соколова как «самого неутомимого „профессионального“ фальсификатора», а его подсчёты абсурдными, поскольку «за все годы войны было мобилизовано (с учетом довоенного числа военнослужащих) 34,5 млн человек, из которых непосредственными участниками войны было около 27 млн человек. После окончания войны в Советской Армии числилось около 13 млн человек. Никак из 27 млн участников войны не могли погибнуть 26,4 миллиона.».
Великая Отечественная война. Энциклопедия для детей. Т. 42. М.: Аванта+, 2010 ISBN 978-5-98986-349-5, 978-5-271-26402-3 (более 90 % статей в томе написано Б. В. Соколовым)