Родился в 1870 году. Окончил курс на историко-филологическом факультете Новороссийского университета. В 1898—1900 гг. состоял ученым секретарем Русского археологического института в Константинополе. Производил раскопки близ Патели (в Македонии). Состоит приват-доцентом Санкт-Петербургского университета В 1901 году назначен членом Императорской археологической комиссии и с этого года непрерывно занимается расследованием Ольвии, которой посвящены большей частью работы его в «Известиях Императорской Археологической Комиссии» (вып. 2, 3, 8, 13, 14, 17). Раскопки в Ольвии являлись образцом археологического исследования античного города. Установил основную территорию города, систему планировки и обороны, устройство построек. Вёл археологические исследования в Киеве, Евпатории и др. В «Arch. Anzeiger» дает с 1903 г. ежегодно обзор археологических находок в России. Из прочих ученых работ Б. В. Фармаковского более важны: «Аттическая вазовая живопись» (СПб., 1902, магистерская дисс.); «Стенная живопись микенской эпохи» (СПб., 1897); «Вакхилид и аттическое искусство V в.» («Журн. Мин. Нар. Просв.», 1898); «Гера Поликлета» (СПб., 1901). В 1914 году избран членом-корреспондентом Петербургской академии наук (с 1917 г. РАН, с 1925 г. АН СССР). Умер в 1928 году. Похоронен на Шуваловском кладбище Санкт-Петербурга.