Родился 9 сентября 1949 года в Бостоне, штат Массачусетс в семье историка Гарвардского университета Ричарда Пайпса и его жены Ирены, евреев переехавших в США из Польши в 1939 году.
Поступил в Гарвардский университет в 1967 году и 2 года изучал математику после чего решил сменить специальность и начал изучать историю, в том числе средневековую историю ислама. Отличался от других студентов тем, что считал неуместными демонстрации левых против войны во Вьетнаме. Шесть лет он учился за границей, в том числе 3 года в Египте.
В 1971 году получил степень бакалавра гуманитарных наук, а в 1978 году — степень доктора философии (Ph.D.)
Кроме английского языка Пайпс говорит по-французски и читает на арабском и немецком. Сайт Пайпса посещает от 120 до 170 тысяч читателей в месяц.
Пайпс является представителем неоконсервативного направления в американской политике.
Является автором ряда широко используемых политических терминов: «новый антисемитизм», «борцы ислама» и «конспирационизм».
Пайпс является членом 5 редакционных коллегий, выступал на заседаниях многих комиссий Конгресса США и принимал участие в 4 избирательных президентских кампаниях в США.
Является создателем и руководителем независимой исследовательской организации Ближневосточный Форум. Форум с 1994 года ежеквартально издает сборник «Middle East Quarterly», а с 1999 года — Middle East Intelligence Bulletin.
Пайпс неоднократно заявлял: «Было бы ошибкой обвинять ислам, религию с 14-вековой историей, за все то зло, что совершает воинствующий ислам, тоталитарная идеология с менее чем столетней историей. Воинствующий ислам это проблема, а умеренный ислам является решением этой проблемы.»
Такие его оппоненты, как сайт Voltaire Network, называют его «ангажированным интеллектуалом», «вдохновителем исламофобии», а другие — «антимусульманским расистом».
В ответ на это, Джефф Якоби (Boston Globe) пишет, что «все это — громадная и злостная клевета, в чем может быстро убедиться каждый, кто даст себе труд прочесть то, что Пайпс пишет, и послушать то, что он говорит», и приводит мнения, подтверждающие эту точку зрения. В частности, Ташбих Сайед, мусульманин, редактор журнала «Pakistan Today», считает, что Пайпс «не атакует мусульман», а то, «против чего он ополчился — это фашистская интерпретация ислама». «Для меня Дэниэл Пайпс — это голос разума», — пишет Сайед.
Хусай Хаккани, ученый в Фонде Карнеги считает:
Пайпс является автором 12 книг, ещё 11 написаны в соавторстве.
Книга Conspiracy : How the Paranoid Style Flourishes and Where It Comes From (1997, Touchstone; paperback (1999) ISBN 0-684-87111-4) посвящена теориям заговора и их роли в европейской политике.