Родился в сельце Тарасьево Лихвинского уезда, Калужской губернии, в семье священника.
С 1895 по 1902 года учился в Калужской духовной семинарии. С 1902 г. — студент историко-филологического факультета Дерптского университета, член марксистского «Общества студентов». В 1906 г. издана первая работа (указатель «Что читать по русской литературе XIX века»). С 1909 по 1917 г. преподаёт в Калужском реальном училище. В 1912 г. публикует «Опыт исторического путеводителя по Калуге и главнейшим центрам губернии».
С 1917 г. профессор Калужского отделения Московского археологического института. С 1918 по 1929 г. председатель Калужского общества истории и древностей. С 19?? по 1926 г. директор объединенных музеев — исторического, художественного и естественноисторического.
Вышел на пенсию в 1929 году. 26 ноября 1933 года умер в своём доме в Калуге, похоронен на Пятницком кладбище города. В память об известном историке-краеведе на доме 10, по 2-му Красноармейскому переулку, где Малинин жил долгое время, установлена мемориальная доска.