Обучался в Имперском колледже Лондона, где получил степень бакалавра в 1960 году. Защитил докторскую диссертацию под руководством нобелевского лауреата Дерека Бартона (1964 год).
В 1963—1978 годах Джек Болдуин преподавал в Имперском колледже, университете штата Пенсильвания и Массачусетском технологическом институте. В МТИ он совершил самое известное свое открытие — правила Болдуина. В 1978 году переехал в Оксфордский университет, где заведовал известной лабораторией Дайсона Перринса (англ. Dyson Perrins Laboratory) вплоть до ее закрытия в 2003.
Профессор Болдуин вышел на пенсию в 2005 году, но продолжает вести исследования и руководить научной группой. Сфера его научных интересов: механизмы реакций, методология органического синтеза, полный синтез соединений природного происхождения, исследования процессов биосинтеза.