Лучшим достижением Перри до сих пор остаётся финал European Open 2001 года. В 2004 году Перри впервые за 13 лет профессиональной карьеры вышел в четвертьфинал чемпионата мира; на том же турнире он сделал высший брейк чемпионата в 145 очков. В 2002 году англичанин впервые попадает в Топ-16 снукеристов, а в 2009-м достигает наивысшего для себя рейтинга.
Входит в «Клуб 100», имея на своем счету 107 сенчури брейков. На попадание в данный список у Перри ушло 17 сезонов.
В 2004 и 2005 годах Перри становился полуфиналистом Чемпионата Великобритании, но оба раза уступал не очень сильным соперникам.
В сезоне 2007/2008 Джо Перри дважды доходил до четвертьфиналов (на Гран-при и Открытом чемпионате Уэльса). Он также достиг 1/8 финала на чемпионате Великобритании. В том же сезоне он выиграл квалификационный турнир на участие в Премьер-лиге (Championship League).
В сезоне 2008/2009 лучшее достижение Джо Перри — четвертьфинал чемпионата Великобритании.
На чемпионате мира 2008 он дошёл до полуфинала, где проиграл Алистеру Картеру со счётом 15:17.