Джон Багнелл Бьюри родился и вырос в ирландском графстве Монахан, в деревушке Клонтибрет, где его отец был ректором Англиканской Ирландской Церкви. Вначале обучался своими родителями, а затем в Фойл и Лондондерри колледже в Дерри и в Тринити Колледже города Дублина, который он и закончил в 1882 году. В 1893 году он стал профессором, после чего преподавал в течение девяти лет на кафедре новейшей истории в Тринити-колледже Дублинского университета. В 1898 году всё в том же Тринити-колледже он был назначен региус-профессором греческого — должность, которую он совмещал с профессорством истории. В 1902 году Джон Бьюри стал региус-профессором новейшей истории Кембриджского университета, неохотно простившись с Дублинским. Одним из его студентов в Кембридже был историк-медиевист Сэр Джеймс Кохран Стивенсон Рансиман (англ. Sir James Cochran Stevenson Runciman), который позже говорил, что он являлся «первым и единственным студентом» Бьюри. Джон Б. Бьюри работал в Кембридже до своей смерти. Он умер в Риме в возрасте 65 лет и был похоронен на протестантском кладбище.
Джон Багнелл Бьюри был одним из главных инициаторов возрождения интереса к истории Византийской империи среди англоговорящих историков, где после Эдварда Гиббона византиеведение было в значительной степени игнорировано. Труды Джона Б. Бьюри варьируют по темам, начиная от Древней Греции до папства XIX века, являются одновременно и научными, и доступными для неспециалистов. Первым по-настоящему авторитетным трудом Джона Б. Бьюри была биография Святого Патрика, изданная в 1905 году. Лучшие исследования Джона Б. Бьюри посвящены периоду истории поздней Римской империи, раннесредневековой Византии, а также ближневосточным регионам. В 1896—1900 годах он подготовил к печати труд Эдварда Гиббона «Упадок и разрушение Римской империи», дополнив его вступительной статьёй и примечаниями. Это издание и по сей день считается не утратившим исторической актуальности.