Джон Фенн родился 15 июня 1917 года в Нью-Йорке. Подростком он вместе с родителями переехал в городок Бири в Кентукки, где закончил местный колледж. В 1940 году он сделал диссертацию в Йельском университете, а затем 3 года проработал в Принстонском университете. С 1962 года был в Йельском университете до 1987 года, когда должен был бы уйти на пенсию. Фенн, однако, воспротивился возрастной дискриминации и остался в университете, переехав в ме?ньшую лабораторию. Именно в это время он начал работать над проектом, за который в 2002 году получил Нобелевскую премию по химии.
Джон Фенн скончался 10 декабря 2010 года в штате Виргиния в возрасте 93 лет.