Джон Элиот родился в деревне Уидфорд в Хартфордшире, Англия. Перед тем, как он поcтупил в Колледж Иисуса в Кембридже , он жил в приходе Нейзинг.
Способствовал обращению в христианство массачусетских индейцев. Для этой цели он перевел на язык индейцев Библию и опубликовал ее в 1663 году . В 1666 году под названием «Начала индейской грамматики» вышла его грамматика массачусетского языка.
Элиот был автором книги «Христианское государство, или Гражданская политика восходящего царства Иисуса Христа» (The Christian Commonwealth: or, The Civil Policy Of The Rising Kingdom of Jesus Christ). Считается, что это первая политическая книга, написанная американцем, а также — первая книга, запрещенная американским правительством. Была написана в конце 1640-х, и опубликована в Англии в 1659. В ней была предложена новая форма гражданского правления, основанная на системе, которую Элиот использовал среди обращенных индейцев. Эта система, в свою очередь, брала начало в восемнадцатой главе Исхода, в которой Иофор дает совет Моисею о том, как управлять народом израильским. Элиот утверждал, что «Христос есть единственный законный наследник английского престола», и призывал к созданию выборной теократии в Англии и во всем мире. После того, как в 1661 году на английский престол взошел Карл II, массачусетское законодательное собрание запретило книгу и приказало уничтожить все экземпляры. Элиот был принужден выпустить публичное отречение и апологию.
Элиот умер в 1690 году в возрасте 85 лет. Его последние слова были «здравствуй, радость» («welcome joy!»).
Памятник Джону Элиоту находится на территории Бэконской публичной библиотеки в Нейтике. День памяти по литургическому календарю Епископальной церкви США празднуется 21 мая.