Своей прочной репутацией для потомков он обязан перу писателя Пьетро Аретино, который был его близким другом, сопровождал его во многих походах, будучи изгнан из Рима, и стал свидетелем его смерти, описав её в одном из своих знаменитейших Letteri. Кроме того, Джованни был одной из любимых фигур Макиавелли, который считал, что он мог бы объединить Италию. Считается самым способным военачальником Италии XVI века, и иногда называется историками Бонапартом XVI века.
Родился в североитальянском городе Форли в семье его графини, Катерины Сфорца — «Тигрицы Романьи», одной из самых известных женщин итальянского Ренессанса, и её третьего мужа Джованни де Медичи Иль Попполано, члена второстепенной ветви рода Медичи.
Отец его умер, когда ребенку едва было два года. Своего ребенка, названного в честь его дяди, Лодовико Моро, после смерти мужа Катерина перекрестила из Людовика в Джованни — в честь умершего супруга. Форли, город его матери и его наследство, через некоторое время был взят Чезаре Борджиа и стал папским владением. Катерину взяли под стражу в качестве заложника.
Мальчику было полтора года, когда Катерину взяли в плен, и она сразу отослала его во Флоренцию к его дяде Лоренцо, а когда ему исполнилось три года, она как раз освободилась и снова начала о нем заботится. Обретя свободу, Катерина поселилась с сыном на вилле Кастелло. Когда ему исполнилось восемь, Катерина отослала его в монастырь Annalena, где он воспитывался в монастыре его сестрой Бьянкой Риарио, дочерью Катерины от предыдущего брака. Согласно легенде, мать «обрядила его в девичье платье, совсем как Фетида, скрывавшая Ахилла в покоях Деидамии». Через год он снова вернулся к матери.
После смерти Катерины опека над 11-летним мальчиком согласно её завещанию перешла к флорентийцу Якопо Сальвиати, представителю банкирской династии, женатому на Лукреции, дочери Лоренцо Великолепного. Якопо продолжал опекать его, пока Джованни не исполнилось 17 лет.
С раннего возраста Джованни проявил способности и большой интерес к физической активности, в особенности к военному искусству — верховая езда, фехтование и проч. Свое первое убийство совершил в возрасте 12 лет — в драке между бандами мальчиков, и был дважды изгнан из Флоренции за свое поведение, в частности в 1511 году. Когда Сальвиати в 1513 году был назначен послом в Рим, с ним уехал Джованни, и начал незамедлительно ввязываться в различные стычки в Вечном городе. Наконец, он был введен в строй папского ополчения благодаря ходатайству Якопо Сальвиати к папе Льву Х, брату Лукреции Сальвиати. В свою очередь, в 1516 году Якопо выдал за Джованни свою дочь Марию.
Джованни был на службе у папы Льва Х (Джованни ди Лоренцо де Медичи), и получил крещение огнем 5 марта 1516 года в битве против Франческо Мария делла Ровере, герцога Урбинского. Джованни выиграл войну за 22 дня.
Джованни подался в кондотьеры — стал наемным военным капитаном. С тех пор он сформировал собственную армию, экипированную легкими конями и специализирующуюся на быстрых, но разрушительных атаках, хитрой тактике и засадах.
В 1520 г. он одержал победу против нескольких мятежных баронов в Марше. В следующем году Лев Х становится союзником императора Карла V против Франциска I, Джованни оказывается под командованием Просперо Колонна и одерживает победу над французами в октябре при Ваприо д’Адда, открыв тем самым путь к Павии, Милану и Пьяченце. К этому моменту слава о нем, как одном из самых способных военачальников Италии распространяется по всей стране.
В знак траура в связи со смертью Льва Х (1 декабря 1521 года), своему дяде по браку и более отдалённому родственнику по отцовской линии, Джованни добавляет черные полосы на свой герб, по какой причине получает свое прозвание — «делле Банде Нере», то есть «в черные полосы». До этого они были белыми и фиолетовыми. Соответственно, его вооруженные формирования получили название «Bande Nere» — что, по созвучию с итальянским словом Banda («банда»), звучало впечатляюще, почти как «черные отряды». Кроме того, тактический успех его отрядов был так велик, что он заслужил прозвище «Невидимка». После смерти Льва Х единственными законными представителями династии Медичи остаются Джованни и его 6-летний кузен Лорензаччо, но Джованни не интересует борьба за политическую власть над Флоренцией, так как он сильно увлечен своими военными успехами.
Около 1523 года к Джованни из Рима приезжает писатель Пьетро Аретино, вынужденный скрываться из-за своих насмешек над папством. Кроме того, на службе у Джованни некоторое время состоял писатель Маттео Банделло, автор оригинальных «Ромео и Джульетты».
Аретино пишет о нем:
Никогда он не оставлял для себя большей части в жалованье и добыче, чем отпускал своим солдатам. Тяготы и лишения терпел с величайшим спокойствием. В деле не носил никаких знаков отличия, и от соратников можно было отличить его только по сразу приметной доблести. В седле он всегда был первым, из пеших последним. Людей же ценил только по достоинству, не глядя на богатство или сан. Дела его всегда были лучше его слов, но и в совете он не пожинал всуе плодов своей славы. Он поистине удивительно умел управлять своими воинами, когда надо -- лаской, когда -- гневом. Праздность была ему ненавистнее всего на свете. Его добродетель была без сомнения природной, а других грехов, кроме свойственных юности, не было; будь то угодно Господу и проживи он дольше, всякому его доблесть была столь же явной, сколь и мне ныне. Сердцем он был поистине благосклоннейшим из людей. Кратко скажу, что многие будут ему завидовать, но никому не будет дано подражать ему.
В августе 1523 года Джованни был нанят императором, а в январе 1524 года разбивает французов и швейцарцев при Каприно Бергамаско. В том же году еще один Медичи — Джулио, под именем Климент VII, становится папой римским. Он приходился матери Джованни, Катарине, двоюродным братом. Новый папа выплачивает Джованни все долги, но взамен приказывает перейти на сторону французов, с которыми Рим заключил союз против императора. Собственно Джованни обещают вернуть материнские земли — Форли и Имолу.
Джованни не принимает участие в битве при Павии, но вскоре оказывается серьезно раненым в перестрелке, и отправляется в Венецию на лечение. В это время в 1525 году император разоряет Рим.
В сентябре 1526 г. наемники могущественного семейства Колонна, державшего сторону императора Карла, вошли в Рим и подступили к Ватикану, рассчитывая запугать Климента VII и заставить его заключить выгодный для императора мир. Нападение было отражено отрядами Джованни делле Банде Нере.
В 1526 году вспыхивает война Коньякской лиги. Её главнокомандующий, Франческо делла Ровере, бросает Милан перед лицом превосходящих сил противника — армии императора во главе с Георгом фон Фрундсбергом. В это время Джованни сумел отразить наступление арьергарда ландскхнетов при слиянии По с Минчией, но вечером 25 ноября он был ранен в сражении близ Говерноло из фальконета чуть повыше колена. Его перевозят в Мантую. Там он умирает от гангрены 30 ноября 1526 года.
Пьетро Аретино в своем письме, которое считается одним из первых образцов военной журналистики, описывает его кончину, которая поразила всех благородством, так:
Был похоронен церкви св. Франциска в Мантуе, но в 1685 году его останки были перенесены во Флоренции и похоронены в фамильном мавзолее его потомков. Когда в 1857 году гроб вскрыли, обнаружили его тело в черном доспехе и с ампутированной ногой..
Как отмечается, солдаты Джованни были в величайшем расстройстве из-за его гибели. В честь него они надели траур и под черным знаменем одержали ряд побед. Большинство из них были из земель его матери — Имолы, и когда годы спустя в Романье началось восстание против его сына — Козимо, старые ветераны значимо поддержали сына своего покойного командира.
Ранняя смерть Джованни в возрасте 28 лет стал знаковой, и ознаменовала конец эпохи кондотьеров, с их методом использования рыцарей на конях, закованных в доспехи, которые оказались устарелыми в эпоху артиллерии — от которой Джованни и погиб.
В ноябре 1516 г. он женился на Марии Сальвиати (дочери его опекуна Якопо Сальвиати и Лукреции Медичи), внучкой Лоренцо Великолепного, с которой они вместе выросли. Их сын Козимо, родившийся 12 июня 1519 года и названный так по просьбе папы Льва Х в честь основателя рода Медичи, в будущем (после угасания основной линии Медичи) овладеет Флоренцией и даже станет 2-м герцогом Тосканским. Через потомство Козимо — королеву Франции Марию Медичи, Джованни станет предком многих европейских королевских родов.