Родился в семье евреев-сефардов, отец — коммерсант родом из Салоник. Мать умерла, когда сыну было 10 лет. Учился в Сорбонне, вступил в коммунистическую партию. Активный участник Сопротивления, где подружился с Франсуа Миттераном и взял псевдоним. С 1949 года отходит от ФКП, впоследствии исключен за антисталинистские высказывания. В 1955 году стал одним из организаторов Комитета против войны в Алжире. Примыкал к леворадикальной группе «Социализм или варварство»
При поддержке Мориса Мерло-Понти поступил в Национальный центр научных исследований (CNRS). В 1957 году вместе с Жаном Дювиньо и Роланом Бартом стал одним из основателей философско-социологического журнала «Аргументы», основал и возглавил Центр исследований массовых коммуникаций. В 1960-е много работал и преподавал в Латинской Америке, в Мексике создал Университет Эдгара Морена.
Дочь - антрополог Вероник Грапп-Наум.
Основные работы посвящены современной западной цивилизации, массовой культуре, месту интеллектуалов в нынешнем мире. Опираясь на идеи Жака Моно, Джона фон Неймана, Ильи Пригожина и др., развивает проект комплексной социологии, в центре которой – принципы непредопределённости, самоорганизации и диалогичности. Пионерскими стали введенные Мореном формы «социологической вылазки», группового, близкого к этнографическому обследования и описания «одного случая» — «Коммуна во Франции: Метаморфозы Плозеве» (1967) и «Слухи в Орлеане» (1969), а также жанр социологического дневника («Калифорнийский дневник», 1970), использование фото- и кинодокументов в социологии (документальный фильм «Хроника одного лета», 1961, с Жаном Рушем). Сводный труд, обобщающий теоретические взгляды Морена, — шеститомный «Метод» (1977—2004).
Книги и статьи Морена переведены на многие языки мира, особенно интересуются ими в Испании, Португалии, Латинской Америке. Морен – почётный доктор более 15 университетов мира, командор Ордена Почётного легиона и Ордена искусств и литературы, кавалер Большого креста ордена Св. Иакова и Меча (Португалия), Великий офицер ордена Гражданских заслуг (Испания), удостоен Европейской премии Шарля Вейонна за эссеистику (1987), Международной премии Виареджо (1989), Международной премии Каталонии (1994), Золотой медали ЮНЕСКО и др.
С 2008 в Высшей школе социальных наук действует Центр Эдгара Морена.