Отец — Дамир Шамильевич Сайфутдинов, спидвейный тренер, на данный момент главный тренер СК Салават.
Брат, Денис Сайфутдинов, также гонщик. В 2007—2010 гг. оба брата выступали в России за один клуб (2007, 2008 — Мега-Лада; 2009, 2010 — Турбина).
Мотоспортом начал заниматься в родном городе — Салавате, в первых соревнованиях (мотокросс 65 см3) участвовал в 1998 году, однако позже сосредоточился на гаревом спидвее. В 2001—2003 гг. участвовал в соревнованиях по спидвею в юношеском зачёте за команду «Салават», а с 2003 года начал выступать за тольяттинский клуб Мега-Лада в юношеских соревнованиях.
В 2005 году дебютировал в Командном чемпионате России по спидвею, также за Мега-Ладу. Первой гонкой стала встреча Мега-Лады с Востоком из Владивостока, в первом заезде Эмиль пришел 4 (после Даркина, Ерошина и Каминского), а в своём следующем заезде набрал первые 2 очка чемпионата России (заезд: Даркин, Сайфутдинов, Столяров, Казионный). Гонка окончилась со счётом 58:31 в пользу Мега-Лады, Эмиль набрал 3 очка и 1 бонус в 3 заездах (0; 2*; 1).
В сезоне 2006 из-за разногласий с руководством Мега-Лады не участвовал в чемпионате, сосредоточившись на выступлениях в польской лиге. По этой причине Эмиль Сайфутдинов не участвовал в 2006 году ни в одном международном соревновании, а в России выступил только 1 раз, в КЧРЮ в составе команды «Приморье», где провёл только один заезд. На следующий год Эмиль вернулся в Тольятти.
В чемпионатах 2007 и 2008 года в составе Мега-Лады являлся лучшим гонщиком страны среди всех гонщиков-нелегионеров.
После завершения сезона 2008 Эмиль Сайфутдинов заключил контракт с балаковской Турбиной, где ему были предложены несколько лучшие условия, в составе которой и стал чемпионом России сезона 2009, вновь став лучшим гонщиком России по среднезаездному результату.
В сезоне 2010 официально числился гонщиком Турбины, однако из-за ряда травм и занятости в европейских лигах и международных соревнованиях не участвовал ни в личном, ни в командном чемпионате России (однако успел провести 2 гонки за «Турбину» в Украинской лиге спидвея).
На 2006—2008 года Эмиль Сайфутдинов подписал трехлетний контракт с командой польской экстралиги Полония Быдгощ, что произошло во многом из-за рекомендации шведского гонщика Андреаса Йонссона, заметившего юного российского гонщика на гонке «Большой Владивосток» в конце 2005 года.
В конце 2006 года началось сотрудничество Эмиля со своим бессменным польским менеджером Томашем Сускевичем.
В 2007 году состоялся дебют Сайфутдинова в шведской лиге в составе клуба Масарна Авеста, с которой был заключён двухлетний контракт.
В 2009—2010 защищал цвета польской Полонии Быдгощ, шведской Пиратерны и датского Войенса, причём с только с польским клубом был подписан договор на 2011 год.
В 2011 году Эмиль выступал также в Британской Премьер-Лиге (за Coventry Bees) и Чешской Экстралиге (за AK Slany).
В 2005 году впервые выступил на международных соревнованиях — на Личном чемпионате Европы среди юниоров, где в полуфинале завоевал право на участие в финале, однако был дисквалифицирован с уникальной формулировкой — за недостижение минимального возраста (Эмилю на тот момент еще не исполнилось 16 лет). Достижения:
Неприятным инцидентом было отмечено участие Эмиля Сайфутдинова в Командном Кубке мира-2011. Первоначально спортсмен входил в основной состав российской сборной на полуфинальную гонку в британском Кингс-Линне, однако за несколько дней до гонки Эмиль отказался от участия, заявив, что не поедет на соревнование без оплаты проезда его самого и команды его механиков. Финансовых средств на это не нашёл ни клуб "Турбина", обычно финансировававший поездки своих гонщиков, ни Мотоциклетная Федерация России. В итоге сборной России пришлось воспользоваться услугами других гонщиков, сумевших, однако, вывести команду в рейс-офф. Для участия же Эмиля в рейс-оффе потребовалось личное вмешательство президента МФР Александра Лункина.
В конце 2008 года Эмилю Сайфутдинову как двукратному чемпиону мира среди юниоров поступило официальное приглашение («дикая карта») принять участие в сезоне Гран-При 2009 — самого престижного спидвейного соревнования в мире — в качестве постоянного гонщика. Таким образом, начиная с 1995 года, когда была внедрена система Гран-При, Эмиль стал первым российским гонщиком, получившим право выступать в ЛЧМ на постоянной основе.
Весьма успешно для спортсмена сложился сезон 2009. Эмиль выиграл 3 этапа мировой серии Гран-При: в Чехии (Прага), Швеции (Гётеборг) и Словении (Кршко), причём победил в первом же Гран-При, в котором принимал участие (Гран-При Чехии), став при этом самым юным победителем этапа Гран-При в истории.
Запомнился Эмиль и неспортивным поведением. Так, на 5-ом этапе серии (Гран-При Великобритании) Сайфутдинов после 5 заезда устроил рукопашную стычку с британцем Скоттом Николлзом, за что первый был оштрафован на 600 долларов (принеся, однако, свои извинения), а второй — на 500.
Не столь, однако, удачливо прошёл сезон 2010. На 3-ем этапе (Гран-При Чехии) в четвертой серии заездов при атаке идущего третьим британца Криса Харриса Эмиль, не справившись с управлением, упал и не смог продолжить соревнования. Эмиль получил перелом плечевой кости левой руки, при том что он является левшой. Кость была скреплена титановой пластиной и шурупами.
По причине этой травмы Эмиль Сайфутдинов был вынужден пропустить 3 этапа Гран-При, вернувшись лишь к Гран-При Скандинавии, где по вине польского гонщика Томаша Голлоба он получил новую травму (вывих запястья правой руки), что и вынудило Эмиля досрочно завершить сезон.
19 октября 2010 года Конгресс FIM в Макао предоставил Сайфутдинову «дикую карту» на участие в серии Гран-При 2011.
Спидвей — не единственный вид спорта, которым занимается Эмиль Сайфутдинов. Он принимал участие в официальных соревнованиях по зимнему мотокроссу. Кроме того, ему поступало официальное приглашение принять участие в мировой серии MotoGP (шоссейно-кольцевые гонки), однако на данный момент спортсмен не выступил ни в одном из этапов.
Эмиль Сайфутдинов имеет польское гражданство. Оно было получено им весной 2009 года с целью облегчения пересечения европейских границ во время многочисленных переездов, связанных с его спортивной деятельностью. Кроме того, польское гражданство Эмиля позволяет выступать ему в польской Экстралиге как местному гонщику, обходя, таким образом, лимит на легионеров. Однако во всех международных соревнованиях Сайфутдинов по-прежнему представляет Россию.
В данное время Эмиль Сайфутдинов проживает в Санкт-Петербурге, где вместе с известным мотокроссменом Геннадием Севостьяновым является одним из руководителей детской мотошколы «Sevostyanov & Sayfutdinov».