Фишер родился в в Ойскирхене, близ Кёльна, в семье бизнесмена. После окончания школы он хотел заниматься естественными науками, однако его отец вынудил его заниматься в семейном бизнесе, пока не убедился в его непригодности к этому.
Фишер поступил в Боннский Университет в 1872 году, но в том же году перевёлся в Страсбургский Университет. Окончив его в 1874 году с работой по фталеину, был оставлен при Университете. В 1875 году он отправился вслед за одним из своих учителей в Мюнхенский Университет и в 1879 году стал профессором химии. В 1881 году назначен профессором в Университете в Эрлангене. В 1888 году приглашён профессором химии в Университет в Вюрцбурге. В 1892 году приглашён в Университет в Берлине, где он проработал до самой смерти в 1919 году.
Лауреат Нобелевской премии по химии за 1902 за работы по исследованию сахаров и пуринов, синтез глюкозы.
Иностранный член-корреспондент Петербургской Академии Наук с 1899.
Имя Фишера носит значительное количество методов в химии:
Медали Немецкого химического Общества выпущены в честь Фишера