Из еврейской семьи. Учился в Берлине, Фрайбурге, Мюнхене. В 1913 году получил степень доктора права в Гейдельбергском университете. Участвовал в Первой мировой войне. Затем решил сменить профессию, закончил филологический факультет Грайфсвальдского университета (1921). В 1923—1929 годах — служащий в Государственной библиотеке Пруссии в Берлине. Перевел Дж.Вико (1924). С 1929 года преподавал на филологическом факультете Марбургского университета. Переписывался с В.Беньямином, который высоко оценил диссертацию Ауэрбаха о творчестве Данте. После прихода нацистов к власти был в 1935 году отстранен от преподавания. Эмигрировал в Турцию, преподавал в Стамбульском университете. С 1947 года жил и работал в США. Преподавал в Пенсильванском университете, в Принстоне, Йеле.
Главная книга Ауэрбаха «Мимесис» (1946), написанная в Стамбуле, была переведена в 1953 на английский, а затем и другие языки, получила широкую популярность, оказала глубокое воздействие на теорию и практику интерпретации литературы, культуры, истории в гуманитарных дисциплинах и социальных науках Запада; в частности, под влиянием «Мимесиса» складывался микроисторический подход Карло Гинзбурга, ему многим обязаны Дж. Стайнер, Э. Саид, Дж. Хартман, Фр. Джеймисон и др. Составившие книгу очерки о европейской словесности от Гомера до Вирджинии Вулф стали буквально классическими: по ним до нынешнего дня учат и учатся языку зрелой филологии. Стоит отметить, что проблема репрезентации «реальности» находилась в центре уже первой книги Ауэрбаха — его труда о Данте (1929); здесь же он поставил проблему публики, структур читательского понимания, которой будут специально посвящены его работы о французской публике эпохи барокко (1933) и о литературном языке и публике в поздней античности и Средневековье (1958).