Происходил из древнего лифляндского рода. Отец, Карл Эдуард Липгарт, — выдающийся коллекционер, благодаря консультациям которого были собраны блестящие коллекции великой княгини Марии Николаевны и братьев Строгановых.
Учился во Флорентийской Академии художеств Историю искусства изучал непосредственно в музеях Германии, Испании, Англии и Италии. С 1877 года выставлял свои картины в парижском Салоне.
Получив заказ от российского императора Александра III на две картины на сюжет о разумных и неразумных женах, в 1886 году привез их в Петербург и остался там навсегда.
Был весьма популярен как декоратор и портретист. Его росписи сохранились во многих петербургских особняках: в Мраморном дворце, дворце великого князя Алексея Александровича на Мойке, 122 (три декоративных панно), в особняке Дервиза, в театре Юсуповского дворца и других. Он же выполнил занавес для Эрмитажного театра. Состоял одним из деятельных членов общества акварелистов с самого его основания. Служил с 1886 по 1896 г. преподавателем декоративной живописи в рисовальной школе Императорского общества поощрения художеств.
Из его произведений следует упомянуть в особенности: картины «Богини, отправляющиеся на суд Париса» (собств. государя императора), «Притча о мудрых и неразумных девах» (также), «Отдых натурщицы» и «Молодая мать», портреты отца художника, ген.-адъют. Рихтера и нек. др.
При ремонте Эрмитажного театра в 1895 году Эрнст Липгарт разработал эскиз, по которому был изготовлен занавес для этого театра.
В 1906—1929 годах исполнял обязанности Главного хранителя картинной галереи Эрмитажа. Сенсационной стала покупка в 1914 г. «Мадонны с цветком» Леонардо да Винчи, принадлежавшей семье Бенуа. Липгарт сыграл роль в атрибуции картины «Апостолы Петр и Павел» кисти Эль Греко.
Оставил мемуары, в которых дан талантливый автопортрет самого Липгарта и эпохи, в которой он жил. По воспоминаниям сотрудников Эрмитажа 1920-х годов, Липгарт «воплощал в себе с редкой цельностью вполне законченную эпоху, которая так же отличается от наших дней, как культура от цивилизации».