Выпускник Кубанской государственной академии физической культуры. Начало профессиональной карьеры — 1992. Завершение карьеры — 2003. Спортивное прозвище — «Калашников». Первыми тренерами были Валерий Шишкин и Анатолий Лепёшин.
Почётный член Ассоциации гольфа России, 1-й вице-президент и член Президиума Ассоциации гольфа России. Чемпион России по гольфу (2011).
Выиграл 26 турниров ATP в одиночном и 27 турниров в парном разрядах.
Лучшие результаты в турнирах Большого шлема:
Высший рейтинг в одиночном разряде — 1 (май-июнь 1999); в парном разряде — 4 (март-апрель 1998). Первый номер чемпионской гонки АТП в феврале 2000 года.
В 2000 году вошёл в десятку самых титулованных универсалов мира: стал десятым игроком за всю историю «Открытой эры» с 1968 года, которому удалось выиграть не менее 20 титулов и в одиночном, и в парном разрядах.
Последний на данный момент теннисист, победивший на одном и том же турнире Большого шлема в одиночном и парном разряде. Кафельникову это удалось в 1996 году на Ролан Гаррос. Кроме того, Евгений играл как минимум в четвертьфиналах всех турниров Большого шлема как в одиночном, так и в мужском парном разрядах.
Признан в России лучшим теннисистом столетия.
В 2000 году награждён медалью «За выдающийся вклад в развитие Кубани».
В 2001 году Олимпийским комитетом России награждён специальной премией Fair play.
Выступал за ВФСО «Динамо».