Родился в крепости Свеаборг в семье офицера, из потомственных дворян Самарской губернии. Окончил 1-ю Московскую военную гимназию (1881 год), 3-е военное Александровское училище (1883 год).
Из училища выпущен подпоручиком (12.08.1883 года) в Санкт-Петербургский гренадёрский полк. В 1885 году переведён в лейб-гвардии Литовский полк, который дислоцировался в Варшаве. Поручик (03.09.1887 год).
В 1889 году окончил Академию Генерального штаба по первому разряду. По окончании академии произведён в штабс-капитаны (10.04.1889 года) и 15.10.1889 года, получил назначение на службу в штаб Войска Донского, исполняющий должность старшего адъютанта войскового штаба. Переведён в Генеральный штаб, с переименованием в капитаны ГШ и назначением старшим адъютантом 7-го армейского корпуса (26.11.1890). Старший адъютант штаба 8-й кавалерийской дивизии (11.10.1891). С 10 мая 1892 года — обер-офицер для особых поручений при штабе 10-го армейского корпуса. 19 сентября 1893 года прикомандирован к 124-му пехотному Воронежскому полку для командования ротой. 19 октября 1893 года откомандирован от полка в штаб Киевского военного округа. 29 января 1894 года назначен и.д. штаб-офицера для особых поручений при штабе 12-го армейского корпуса.
7 марта 1894 года отчислен от должности с прикомандированием на 1 год к Главному штабу. Назначен постоянным членом военно-исторической комиссии по описанию русско-турецкой войны 1877—1878 гг.. (12.03.1894). Подполковник (12.03.1894). Полковник (05.04.1898). Награждён орденом Святого Владимира 4-й ст. (06.12.1902). В 1896 году окончил Петербургский археографический институт.
Во время русско-японской войны командовал 140-м Зарайским полком. За боевые отличия Мартынов был произведен в генерал-майоры и награждён Золотым Георгиевским оружием и орденами святого Георгия 4 степени (за бой при Ляндясане), святого Владимира 3 степени с мечами и святого Станислава 1 степени с мечами.
В 1905 году Мартынов был назначен начальником штаба III Сибирского армейского корпуса, в 1906—1908 гг. состоял при главном штабе, в апреле 1908 года назначен начальником 1-й стрелковой бригады. 7 декабря 1910 года произведен в генерал-лейтенанты и назначен начальником Заамурского округа пограничной стражи.
Находясь в этой должности вступил в конфликт с командиром Отдельного корпуса пограничной стражи генералом Пыхачевым и министром финансов графом Коковцовым (пограничная стража тогда подчинялась министерству финансов) по поводу поднятого им вопроса о хищениях на КВЖД и в Заамурском округе окПС. В итоге 19 февраля 1913 года был переведён на должность начальника 35-й пехотной дивизии. 18 марта 1913 подал прошение об отставке и 13 апреля 1913 был уволен из вооружённых сил «по домашним обстоятельствам».
После этого Мартыновым в издательстве В.М. Саблина в Москве были опубликованы две брошюры под общим названием «Манчжурские порядки» (выпуск 1 «Снабжение войск недоброкачественными продуктами» и выпуск 2 «Работа наших железнодорожных дельцов в Маньчжурии». Одновременно с публикацией брошюр в газете «Голос Москвы» (№114) было помещено открытое письмо Мартынова В.Н. Коковцеву.
За напечатание в брошюрах секретных служебных документов Мартынов был предан военному суду. Решением особого присутствия Московского военно-окружного суда от 05.11.1913 года, за публикацию в открытой печати служебных документов, не подлежащих огласке лишен пенсии. Кроме того Мартынову было запрещено в течение трёх лет занимать должности на государственной службе.
Однако дальнейшие публикации Мартынова и широкий резонанс его дела (вопрос рассматривался в Государственной Думе) привели к тому, что Московский военно-окружной суд решением от 21.03.1914 оправдал Мартынова.
В 1913 году, в качестве корреспондента газеты «Утро России», участвовал во второй Балканской войне. 20 июля 1914 года, в связи с началом мобилизации, подал прошение на Высочайшее имя, прося вернуть его в вооружённые силы, на что последовало согласие. Назначен в распоряжение начальника штаба Юго-Западного фронта.
26 июля 1914 г. определен на службу с назначением в резерв чинов штаба Петроградского военного округа. В августе этого же года вылетел из Дубно, на самолёте с лётчиком А. Васильевым с целью провести стратегическую разведку на Львов и Стрый, над Львовом аэроплан был подбит, совершил вынужденную посадку. Мартынов и лётчик попали в плен. Некоторое время Мартынов содержался в тюрьме в замке Лек в Венгрии вместе с генералом Л. Г. Корниловым. Освобожден из плена 20 февраля 1918 года.
По возвращении в Россию добровольно вступил в Красную армию. Главный начальник Управления снабжений РККА (7 ноября 1918 г.), в распоряжении начальника Академии Генштаба с декабря 1918 года. Преподаватель, старший руководитель стратегии этой академии, одновременно сотрудник-составитель Военно-исторического отдела Оргуправления Всеросглавштаба. С 1924 года — для особых поручений в Военно-историческом отделе штаба РККА, с февраля 1925 года — в Управлении по исследованию и использованию опыта войн штаба РККА. С 1-го июля 1928 года в отставке. После увольнения занимался переводами военной литературы. Работал в редакции Большой советской энциклопедии. Преподавал военное дело в 1-м Московском университете.
В 1931 году арестован, осуждён по 58-й статье, на 5 лет, с заменой высылкой в Северный край на тот же срок. Постановлением коллегии ОГПУ от 14.07.1932 года, дело было пересмотрено, приговор отменён и Мартынову было разрешено свободное проживание по СССР. Жил в Москве по адресу: Новинский бульвар, дом № 16, квартира № 23.
23 сентября 1937 года снова арестован, помещен в Таганскую тюрьму. Обвинялся по статье 58-10 в контрреволюционной агитации. Во время двух допросов виновным себя не признал. 29 ноября 1937 года осужден тройкой при УНКВД СССР по Московской области, по обвинению в контрреволюционной агитации. Расстрелян 11 декабря 1937 года, на Бутовском полигоне.
Был женат дважды. Первая жена — Елена Леонидовна Ухтомская. Дети от первого брака: Наталия, Борис. Вторая жена — Антонина Васильевна Демидова. Дети от второго брака: Георгий, Сергей, Кирилл и Владимир.