Окончил Тартуский университет, затем аспирантуру в МГУ, где под руководством А.Г.Куроша защитил диссертацию по алгебре (1967), но скоро в значительной степени отходит от математики и становится диссидентом. После незаконного увольнения с работы эмигрирует в ФРГ в 1980 и продолжает правозащитную деятельность (борьба за права семьи гроссмейстера В.Корчного, организация центра распространения запрещённой в СССР литературы). Также он возобновляет работу в области математики и руководит отделом математического моделирования в Центре ядерных исследований (с 90—ых Центр исследования окружающей среды и техники) в Карлсруэ.
Одной из сторон деятельности Габовича становятся работы в области пересмотра хронологии. Его работы по т.н. «исторической аналитике» (историографии) близки к неакадемическому направлению исследований «Новой хронологии», разрабатываемой в России группой Фоменко.