Окончила Азербайджанский государственный университет. Автор свыше 60 научных работ, в том числе 7 из них опубликованы за рубежом. Доктор исторических наук. Член-корреспондент Национальной Академии Наук Азербайджана. Преподавала в Азербайджанском государственном университете, сейчас является сотрудником Института истории Академии наук Азербайджана. Основные работы посвящены истории Кавказской Албании..
С 1978 преподавала в Азербайджанском Государственном Университете, в Азербайджанском педагогическом Институте, в 1997-1998 г. в Университете "Хазар", с 1998 г. в Западном Университете заведовала кафедрой "Гуманитарные дисциплины".
Российский историк и этнограф В. А. Шнирельман в своей книге «Войны памяти» считает Мамедову главным пропагандистом т. н. «албанского мифа» - ревизионистской исторической концепции, проводящиеся в Азербайджане при государственной поддержке
Сама Мамедова отмечает, что Гейдар Алиев лично требовал научную критику на каждую книгу об истории Албании издаваемую в Армении.
Д.филол.н. Э.Пивазян приводит пример фальсификации Ф. Мамедовой в работе «Политическая история и историческая география Кавказской Албании», которая на стр. 24-25 приписала примечание переводчика, отсутствующие в оригинале, автору средневекового судебника Мхитару Гошу.
Историки А. А. Акопян, П. М. Мурадян, и К. Н. Юзбашян обвиняют Мамедову в подтасовке цитат. Как они отмечают, Ф.Мамедова «Политическая история и историческая география Кавказской Албании» в подтверждение своей концепции армяно-албанской границы цитирует слова С. В. Юшкова: «Нельзя думать, что Албания при Страбоне занимала только долину по левому течению реки Куры». Между тем, согласно ленинградским историкам, С. В. Юшков этой фразой утверждал вхождение в состав Албании не равнин за Курой, а большей части Дагестана (полемизируя с А. Яновским, помещавшим Албанию лишь на левобережной равнине вплоть до Кавказских гор). . Для доказательства принадлежности Сюника к античной Албании, Ф.Мамедова ссылается на с. 236 работы Гюбшманна об армянской топонимике, хотя на этой странице вообще нет слова «Сюник». Там же, Мамедова ссылается на стр. 519 этого издания, которое, однако, содержит всего 490 страниц..
В конце 2005 — начале 2006 гг. в азербайджанской академической среде и обществе оживлённо обсуждалась новая книга Фариды Мамедовой «Кавказская Албания и албаны». Мамедова была подвергнута критике; критики в частности, утверждали, что она «предатель Родины» и «армянская шпионка». Главным критиком Мамедовой выступал директор Института истории Национальной Академии Наук Азербайджана (НАНА), член-корреспондент НАНА профессор Ягуб Махмудов; главным же пунктом критики явилась помещенная Мамедовой историческая карта «Албания и сопредельные страны во II—I вв. до н. э.», на которой было указано государство Великая Армения. Кроме того, профессор Махмудов утверждал, что тема книги неактуальна: «Албания никому не нужна, нам необходима Атропатена». Заместитель Махмудова Джаби Бахрамов утверждал, что «приведенные в книге карты расходятся с государственными интересами азербайджанского народа» . В Нахичеванском отделении НАНА прошли обсуждения по книге, где отмечалось, что «эта книга написана на основании ошибочных источников», а принявшие участие в обсуждении ученые отметили «важность борьбы с теми, кто старается фальсифицировать нашу историю и ставит перед собой совершенно иные цели в этой области» .
Со своей стороны, Мамедова утверждала, что истинной причиной критики было невыполнение ею требований профессора Махмудова, который, когда занял свою должность, якобы «потребовал у меня 5 готовых проблем по Кавказской Албании, чтобы издать их в виде 5 монографий от своего имени». Знакомясь же с вышедшей монографией, он при виде упомянутой карты заявил Мамедовой, что она «продалась армянам, Европе и Америке». После этого Махмудов, по словам Мамедовой, «дал поручение всем историкам института доказать, что такого понятия, как „Великая Армения“, в источниках, в истории, в историографии не было вообще, и Фарида Мамедова сама придумала его и раскритиковала. (…) Затем он заставил купить книгу и поручил сотрудникам института написать отрицательные рецензии. Ученый секретарь Говхар Мамедова предложила „рецензентам“ выхватить цитаты из контекста и навешивать ярлыки „предатель родины“ и т. д. (…) Весь институт был превращен в „фабрику“ по написанию отрицательных рецензий. Директор тогда широко использовал многие телеканалы, на которых открытым текстом объявил меня „армянской шпионкой“, „продавшейся армянам“, а книгу, мол, субсидировали 3 армянских банка России. Это был призыв к моральной и физической расправе со мной. Эффект получился обратный. Обеспокоенная общественность просила меня не выходить из дома и пользоваться только услугами такси». Со своей стороны, Мамедова не только отрицает обвинение в том, что она «продалась армянам», но наоборот, с гордостью утверждает, что «моя монография показала несостоятельность существующей в азербайджанской науке армянской концепции, которой упорно придерживаются и пропагандируют директор института Я.Махмудов и член-корр НАНА Наиля Велиханлы»