Известно, что Фернан Лопес де Кастаньеда родился в семье португальского офицера, который был назначен судьёй в Гоа. В 1528 году Кастаньеда последовал в Португальскую Индию и Молуккские острова за отцом. Там он провёл 10 лет, собирая материал для своей будущей книги. В 1538 году Кастаньеда вернулся в Португалию, где получил позицию администратора (лат. pedellus, bidellus) в университете Коимбра.
В Коимбре Кастаньеда начал публиковать «Историю открытия и завоевания Индии португальцами», первый том был издан двумя редакциями в 1551 и 1554 годах. Ещё 6 томов были изданы при жизни Кастаньеда, и 3 — уже после его смерти. После публикации первых 8 томов, Екатерина Австрийская, королева-регент Португалии, под давлением дворянских кругов, недовольных объективностью Кастаньеды, наложила запрет на публикацию последних томов — 9-го и 10-го.
Книги Кастаньеды, полные географических и этнографических описаний, были переведены на европейские языки — французский, испанский (1554), итальянский (1578) и английский (1582).