Получив медицинское образование в Монпелье, где некоторое время практиковал, в 1756 году он переселился в Шатильон, где основал ботанический сад.
Коммерсон совершил несколько путешествий с научными целями, изучал и описывал средиземноморских рыб, переписываясь при этом с Карлом Линнеем.
В 1766 году Коммерсон присоединился к экспедиции Бугенвиля и побывал в Африке, Южной Америке и Океании, открыв за время путешествия около 160 новых видов и семейств растений. Он собрал много образцов, находящихся в настоящее время в Парижском музее естественной истории. При возвращении экспедиции Бугенвиля во Францию Коммерсон остался на Мадагаскаре для изучения тамошней растительности и умер во время поездки на остров Маврикий.
В честь Коммерсона назван дельфин Коммерсона (Cephalorhynchus commersoni), открытый Коммерсоном во время экспедиции Бугенвиля в Магеллановом проливе.