Родился в Швейцарии. Окончил Тюбингенский университет. Находился под влиянием Баура. В 1841 г. в Берлине получил степень бакалавра богословия и выдержал экзамен на звание профессора. Там же сблизился с протестантскими ортодоксами Неандером и Толуком. В 1844 г. по приглашению немецкой Реформатской семинарии занял кафедру церковной истории в Мерсерсбурге (США). С 1870 по 1885 г. был президентом американского отделения комиссии по подготовке английского Пересмотренного перевода Библии (Revised Standard Version). Содействовал основанию в 1888 г. Американского общества церковной истории и был его первым президентом.
Представитель так называемого мерсерсбургского богословия, стремившегося к установлению межцерковных контактов и даже к возрождению межцерковного единства. За эту направленность был обвинен в ереси "папизма", но обвинение было впоследствии снято.
Научное наследие Шаффа огромно. Он был не только ведущим исследователем американской религиозной жизни (статьи об Америке ; о Гражданской войне ; о религиозной свободе ), но и ведущим историком церкви и автором многочисленных библейских и богословских трудов. Широко известны его 8-томная "История христианской Церкви" (History of the Christian Church), ценнейший 3-томный труд "Вероучительные символы христианства" (Creeds of Christendom, 1877), 14-томное издание отцов Церкви, 13-томная "Энциклопедия религиозных знаний Шаффа - Герцога" (Shaff-Herzog Encyclopedia of Religious Knowledge, 1884), американское издание комментариев Ланге (1864-80), исследование о церковных гимнах (1868), опровержение учения Штрауса - Ренана о Христе (1865).
Ф. Шафф. История христианской церкви. Тома 1 - 7. Спб., «Библия для всех», 2007—2010.
Главы из 8-го тома (Реформация в Швейцарии) опубликованы в книге: Церковное бремя власти и традиции (по материалам «Истории христианской церкви» Филипа Шаффа). Спб., «Библия для всех», 2010.