Родным городом Филолая считается Кротон в Южной Италии; иногда называется также Тарент. Учеником Филолая был Архит Тарентский; среди учеников Филолая упоминается ряд последних пифагорейцев, которых ещё видел Аристоксен.
Когда демократическая партия в Метапонте восстала против пифагорейцев и сожгла дом, в котором проходили их собрания, Филолай бежал в Луканию. Позднее он переселился в Фивы, где жил ещё незадолго до смерти Сократа.
Филолай первый обнародовал пифагорейское учение о природе и устройстве Вселенной. Сочинение Филолая «О природе», состоявшее из трёх книг — 1) учение ???? ?????? (? гармонии и космологии), 2) ???? ?????? (о числе и о его значении в мирообразовании), 3) ???? ????? (о душе и душепереселении) — дошло до нашего времени лишь в отдельных фрагментах. По просьбе Платона оно было куплено для него Дионом в Сицилии: от Платона оно перешло к Спевсиппу.
Согласно Аристотелю, Филолай первым предположил возможность движения Земли, утверждая, что смена дня и ночи вызвана движением планеты вокруг воображаемого центра Космоса.
Стобей приводит описание системы мира Филолая: в центре Вселенной находится Центральный огонь (Гестия, Очаг Вселенной, Дом Зевса, Мать Богов) — незатухающий огонь, освещающий весь мир. Вокруг Центрального огня вращаются Антиземля, Земля, Луна, Солнце и пять известных древним планет (Меркурий, Венера, Марс, Юпитер, Сатурн). Наконец, на последней сфере находится Объемлющий огонь, представляющий собой совокупность неподвижных звёзд.
В системе мира Филолая участвует вымышленное небесное тело, придуманное другим пифагорейцем, Гикетом Сиракузским — так называемая Антиземля (????????), которая располагается на ближайшей к Центральному огню орбите. Антиземля не наблюдается с Земли; отсюда следует, что Антиземля и Земля движутся синхронно, сохраняя относительно друг друга неизменное положение. Кроме того, из гипотезы Филолая следовало, что Земля всегда обращена к центру Вселенной одной стороной (подобно Луне по отношению к Земле), иначе наблюдатель был бы способен наблюдать Центральный огонь с любой точки Земли. Получалось, что вся обитаемая Ойкумена находится на обратной от Центрального огня стороне Земли и освещается его светом, отражённым от Солнца. Филолай считал, что Солнце стекловидно или состоит из материала, отражающего свет сходным образом. Таким образом, в его системе мира Солнце выступает в роли зеркала, отражающего чужой свет.
Как и Анаксагор, пифагорейцы, включая Филолая, допускали обитаемость планет. В частности, они считали, что Луна населена растениями и животными подобно Земле, причём лунные животные крупнее земных в пятнадцать раз, поскольку день на Луне длится в 15 раз дольше, чем на Земле.
При всей её фантастичности значение системы мира Филолая состоит в том, что в ней впервые допускалось движение Земли, которая уже не помещалась в центр Вселенной. Вероятно, она повлияла и на Аристарха Самосского, впервые выдвинувшего теорию гелиоцентрической системы. Ссылки на Филолая и других пифагорейцев, поставившего под сомнение геоцентрическую систему мира задолго до её окончательного оформления в трудах Аристотеля и Птолемея, приводит в своём главном труде «О вращениях небесных сфер» Николай Коперник.
Филолай продолжил исследования математических оснований музыки, начатые другими пифагорейцами. В первой книге трактата «О природе» (фрагмент 6а по Дильсу-Кранцу) содержится, возможно, самое древнее дошедшее до нас специальное определение гармонии. Согласно Филолаю, «гармония» (речь идёт об интервале октавы) называется так потому, что это первый консонанс, который возникает из скрепления (??????? по-гречески — скрепа, скрепление) двух других основных консонансов — кварты и квинты. Именно потому октава и называется «гармонией» (???????... ?? ????????? ???????? ???????). В этом же фрагменте он определяет диесу как остаток от вычитания трёх тонов из квинты или двух тонов из кварты, то есть в трактовке Филолая диеса — то же, что малый пифагорейский полутон, или лимма. Фрагменты (6b, A26 по Дильсу-Кранцу) о делении целого тона, включённые в трактат «Основы музыки» Боэция (кн. III, гл. 5 и 8), в современной науке (К.Хафмен) считаются неаутентичными.
Также он проводил расчёты длительности так называемого «большого года», полагая его равным 59 обычным годам.