В 1850 г. открыл курс в Гейдельберге, но ему было запрещено чтение лекций, без объяснения причин. Это распоряжение вызвало всеобщее негодование; только дармштадтский клерикальный орган в анонимной статье пытался оправдать образ действия правительства.
С 1856 до 1872 г. Фишер состоял профессором Йенского университета, а затем перешёл в Гейдельберг, где привлекал многочисленную аудиторию своими блестящими лекциями.
Наиболее примечательные из его сочинений:
Фишера при изложении истории философии занимала главным образом не история проблем (как Виндельбанда в «Geschichte der Philosophie» и Ренувье в «Esquisses d’une classification des syst?mes philosophiques»), не историко-культурное изучение условий возникновения и развития философских учений (Бенн, Гомперц) и не экономическое истолкование философии (Элейтеропудос, Паттен). У Ф. на первом плане три задачи:
Особенно крупны заслуги Фишера в разъяснении значения философских систем Канта и Гегеля.
Вместе с Целлером он в начале 1860-х гг. указал на необходимость обратиться от материализма к изучению критической философии. Недавно вышедшие два последних тома истории философии, посвящённые Гегелю, представляют бесспорно самое лучшее и полное изложение гегелевской системы.
Фишер обладает неподражаемым искусством входить в дух изучаемого мыслителя и истолковывать его, становясь на его точку зрения; в подобной имманентной критике он как бы придерживается принципа, установленного ещё Гердером: «einen Schriftsteller aus sich selbst zu erkl?ren ist die honestas jedem honesto schuldig».
При изложении различных философских систем ему случалось попутно затрагивать глубокие и интересные вопросы, вызывавшие оживленный спор в литературе.
Фишер разъяснил ошибочность истолкования «атрибутов» в системе Спинозы в духе субъективных «форм познания»; в споре, возникшем между Ф. и Тренделенбургом о «третьей возможности» (по вопросу об объективном значении форм пространства и времени; см. Тренделенбург), Фишер отрезал путь к догматическому истолкованию «трансцендентальной эстетики» Канта; говоря о Фихте, Фишер пытается наперекор мнению других историков показать, что философское миросозерцание Фихте второго периода не находится в противоречии с его первоначальной точкой зрения (см. Фихте).
Фишер высказал сомнения относительно связи пессимизма Шопенгауэра с его судьбой, замечая, что Шопенгауэр «рассматривал трагедию мирового несчастия в бинокль из весьма удобного кресла, а затем уходил домой с сильным впечатлением, но в то же время вполне удовлетворенный»; этот взгляд на Шопенгауэра оспаривается в настоящее время Фолькельтом (см. «Артур Шопенгауэр», стр. 33).
Взгляды Фишера на историю философии, даже когда они могут быть ошибочными, интересны и возбуждают мысль. Первые четыре тома его философии переведены на русский язык под редакцией Страхова. В настоящее время готовится издание нового перевода I, II и IV томов и переводятся тома, посвящённые Фихте и Шеллингу. В начале XX в. вышел в свет III том (Кант) в переводе Полилова, Жуковского и Лосского и VIII-й т. (первый из двух, посвящённых Гегелю, в переводе Лосского); вскоре выйдут в свет IV-й т. (Кант) и IX-й т. (Гегель).
Кроме того, имеются на русском яз. VI-й т., посвящённый Шопенгауэру, и отдельная книга Ф., вне девятитомной серии «История новой философии» — «Бэкон Веруламский и век реальной философии», а также брошюра «О свободе человека» и ряд интересных литературных очерков: «Шиллер», «Фауст» Гёте, «Лессинг».
Кроме упомянутых сочинений, Ф. написал ещё брошюры:
О системе логики и метафизики Ф. см. статью Kym’a в его «Metaphysische Untersuchungen» и заметку Sieber’a в его книге «Geschichte der neueren deutschen Philosophie seit Hegels» (1898, стр. 60—62); подробности о споре Ф. с Тренделенбургом — в «Kommentar zu Kant’s Kritik der reinen Vernunft» Vaihinger’a.
Реплику Ф. на возражения Файингера по этому и по другим вопросам Кантовой теории познания — см. в первом из двух томов, посвящённых Канту (стр. 334 — «Критические прибавления»). Здесь же дана справедливая оценка схоластическим приёмам представителей «кантофилологии» — этих начетчиков Кантовского толка.
Когда престарелого автора, Куно Фишера, спрашивали, почему он не отводит в своих трудах места Фридриху Ницше, то знаменитый гейдельбергский профессор с презрением всегда отвечал: “Ницше – просто сумасшедший”.