Родился 14 марта 1924 года в Москве. Его отец — профессор, кристаллограф, мать — библиограф. Супруга — Зенкевич Татьяна Львовна, дочь академика, океанолога Л. А. Зенкевича (1889—1970). Сын — Флинт Александр Владимирович (1953), директор Свято-Димитриевского училища сестер милосердия (Москва).
Доктор биологических наук, профессор, «Заслуженный эколог Российской Федерации», академик Российской Академии естественных наук, член Петровской академии наук и искусств. Почетный член Териологического общества РАН, пожизненный почетный член Британского Орнитологического Союза и Национального географического общества США.
Умер 23 марта 2004 года.
Благодаря В. Е. Флинту был создан в 1993 году Союз охраны птиц России, который учёный 10 лет возглавлял как президент, а затем — как почетный президент.
Участвовал в создании Красных книг, в операции «Стерх», в подготовке законодательных актов по охране природы. В. Е. Флинт — один из авторов и редакторов Красной книги СССР (1978, 1982), Красной книги РСФСР (1983), Красной книги Российской Федерации (2001) и Красной книги Москвы (2001). Он автор проекта закона СССР «Об охране и использовании животного мира», который декларировал принципиально новые юридические нормы, был одобрен и введен в действие постановлением Верховного Совета СССР с 1 января 1981 года. По его инициативе и при его прямом участии были созданы зоопитомники редких видов журавлей, хищных птиц, дрофы, джейрана и другие. Был избран представителем СССР в Совет и Бюро МСОП, стал вице-председателем Комиссии по редким видам МСОП, членом Международного Орнитологического Комитета и его Исполкома, членом научного Совета Международного Фонда охраны журавлей, национальным координатором сотрудничества России с Международным Бюро по изучению и охране водно-болотных угодий.
В. Е. Флинт посетил более 50 зарубежных стран. Как член правления «Ассоциации дружбы с народами Африки», В. Е. Флинт организовал ряд поездок по национальным паркам Кении, Уганды, Танзании, и вместе с такими учеными как А. Г. Банников, Ю. А. Исаков, В. А. Попов и другие, они стали первыми русскими зоологами, своими глазами увидевшими животный мир саванн Восточной Африки.
Работал в экспедициях на Северном Казахстане, в Приморском крае, Туве, Забайкалье, Туркмении и в других республиках Средней Азии. С 1963 году его внимание привлек север — он побывал на Мурманском побережье Баренцева моря, на острове Врангеля, в тундре Якутии, на Таймыре.
В. Е. Флинт был гостем популярной телепрограммы «В мире животных».
В.Е. Флинт опубликовал более 660 статей и книг, включая научные монографии и статьи, полевые определители, учебные пособия для ВУЗов, научно-популярные очерки и книги для детей.