Васкес был выбран под 11-м номером на Драфте НБА 2005 года «Орландо Мэджик». Он объявил, что останется играть в испанской лиге ACB, по крайней мере на следующий сезон. Это стало неожиданностью для Орландо, ожидавших что он присоединиться к Дуайт Ховарду в сезоне 2005-06, и разочаровало многих поклонников Магов. Васкес изначально не говорил, что будет играть в Европе после того как был задрафтован и удтверждал, что хотел бы присоединиться к Орландо. Мэджик сохранили права на Васкеса в НБА на неопределенное время и, следовательно, потенциально могут подписать его в одном из будущих сезонов.
Васкес подписал выгодный контракт с Жироной. команда, в сезоне 2005—2006 вступила на высокий уровень экономического развития, подписав спонсорское соглашение с каталонской компанией по недвижимости Akasvayu. Васкес стал игроком с одной из самых высоких зарплат в испанской лиге.
Пребывание в Жироне не принесло Васкесу значительных побед и в следующем сезоне он подписал контракт с «Барселоной». В сезоне 2006—2007 он стал обладателем кубка короля. Васкес установил рекорд по блок-шотам (12) в игре против Вальядолида, тогда Барселона одержала победу со счётом 58-65. В том же сезоне, Васкес стал шестым игроком сделавшим трипл-дабл с 1989 года.
Показав отличную игру в полуфинале и финале Королевского кубка 2010 года, Фран был признан MVP, а его команда «Барселона» стала победителем.
9 мая 2010 года, Васкес стал чемпионом Евролиги в составе «Барселоны». В финале Евролиги, прошёдшем в Париже, «Барселоне» противостоял «Олимпиакос», уступивший со счётом 86-68.
Васкес выступал за сборную Испании по баскетболу на Чемпионате Европы 2005 года. Команда заняла четвёртое место уступив в полуфинале сборной Германии всего одно очко (74-73), а затем проиграв в матче за бронзовые медали сборной Франции со счётом 98-68. Также выступал за сборную на чемпионате мира 2010, где Испания заняла 6-е место.