Окончил гимназию в Тарнуве, затем факультет права Ягеллонского университета (1865), в 1871 г. там же защитил докторскую диссертацию. Работал в различных финансовых учреждениях Галиции. С 1870 г. состоял в исторической комиссии Краковского научного общества. С 1892 г. руководил Краковским государственным архивом.
Пекосинский в своих трудах развивает старую, но модифицированную им теорию «наезда» (поморских племен) для выяснения генезиса польского государства; с нею связана и другая его теория — о «династическом» происхождении польской шляхты, основанная на замеченном им воспроизведении старых скандинавских рун в польских гербах и скандинавских выражений в так называемых «заволанях» (proclamа).