Франсуа Бозизе родился 14 октября 1946 года в Муила на территории Габона. По этнической принадлежности — гбайя. Поступил на военную службу. В 1975 году он получил звание капитана, а в 1978 году император Жан-Бедель Бокасса произвёл его в бригадные генералы. После свержения в следующем году диктаторского режима Бокассы к власти в стране пришёл Давид Дако, который назначил Бозизе министром обороны. Во время правления Андре Колингбы генерал Бозизе с 1981 по 1982 год являлся министром информации и культуры ЦАР, но позже Колингба обвинил его в подготовке государственного переворота и в июле 1989 года он был арестован в Котону (Республика Бенин). Был заключён в тюрьму и подвергался пыткам, но в декабре 1991 года суд в Банги оправдал его.
22 августа 1993 года Франсуа Бозизе выдвинул свою кандидатуру на президентские выборы, но проиграл в первом же туре, набрав 1,5 % голосов. Президентом ЦАР тогда стал Анж-Феликс Патассе.
Долгие годы Бозизе считался сторонником Патассе, помогая ему подавлять армейские мятежи в 1996 и 1997 годах. Во многом за эти заслуги, Бозизе и был назначен главой Генштаба вооружённых сил Центральноафриканской Республики.
28 мая 2001 года была предпринята неудачная попытка государственного переворота против президента Патассе. 26 октября генерал Бозизе был отстранён от должности начальника генштаба армии по обвинению в причастности к попытке переворота. 3 ноября власти попытались его арестовать, но Бозизе оказал сопротивление, в результате чего вспыхнули боевые столкновения. В ходе пяти дней боёв генерал со своими сторонниками были вытеснены из их оплота в северной Банги и бежали на север в сторону Чада. В том же месяце Патассе лишил его генеральского звания.
25 октября 2002 года силы Бозизе предприняли попытку свергнуть Патассе. В столице Банги завязались бои с применением артиллерии — сначала в юго-западной части города, в районе аэропорта, а затем на севере; бой также шёл возле президентского дворца. В сражении с мятежниками, помимо правительственных войск, участвовали ливийские солдаты и 1000 бойцов, направленных на помощь президенту командующим Освободительного движения Конго Жан-Пьером Бемба. В ходе шестидневных боёв в столице мятежники были разбиты. Но, выбив их из столицы, союзники начали грабить Банги и творить насилие в отношении её жителей, что послужило поводом для обвинения президента Патассе в злоупотреблении властью и измене родине.
В феврале 2003 года конголезцы во главе с Жан-Пьером Бембой оттеснили войска Бозизе почти к самой границе с Чадом.
15 марта 2003 года сторонники Бозизе при поддержке артиллерии вошли в столицу страны. Они заняли аэропорт и резиденцию главы государства, затем — телевидение и радио. Президент Патассе в этот момент находился в соседнем Нигере на саммите Организации стран зоны Сахеля. Франсуа Бозизе заявил, что «свержение прежнего режима позволяет создать условия для проведения реальных демократических преобразований».
5 декабря 2004 года в стране состоялся референдум, по итогам которого была принята новая конституция, установившая форму смешанной республики.
Во втором туре президентских выборов, прошедших 8 мая 2005 года, победу одержал Франсуа Бозизе, набравший 64,60 % голосов.
В начале марта 2004 года Центральноафриканская Республика вновь попала на первые страницы мировых газет, после того, как стало известно, что Бозизе решил предоставить убежище свергнутому гаитянскому президенту Жану-Бертрану Аристиду. Однако надолго Аристид в ЦАР не задержался.
1 декабря 2010 года Франсуа Бозизе подписал указ о полной реабилитации бывшего диктатора Жан-Беделя Бокассы, в соответствии с которым свергнутый император был «восстановлен во всех правах». Бозизе назвал Бокассу «великим гуманистом» и «сыном нации, признанным всеми в качестве великого строителя» и подчеркнул «Я хочу говорить о Бокассе. Он построил страну, а мы разрушили всё, что он построил».
На президентских выборах, прошедших 23 января 2011 года, Бозизе был переизбран, набрав 64,37 % голосов.