Бондорфф заканчивает первоначально обучение на ювелира, однако, уже в 1871 году он отправляется в поездку через Швейцарию, Савойю и Италию в Тунис, а оттуда через Мальту в Египет. Он остаётся на 4 года в Каире и учится там арабскому языку.
В 1876-79 годах следует собственная 4-летняя экспедиция в Судан и в Центральную Африку. На обратном пути во время нападения ему пришлось оставить свои ценные коллекции и записи.
В 1880-87 годах он сопровождает экспедицию немецко-русского исследователя Африки Вильгельма Юнкера. В январе 1880 года они отправляются из Хартума в страны, где живут племена мангбету и занде, чтобы продолжить там исследования Георга Швейнфурта. Были исследованы истоки рек Уэле и Арувими. Заболев, Бондорффу пришлось вернуться в 1882 году, однако восстание махди преградило ему обратный путь и вынудило его к более чем годовому пребыванию в Бахр-эль-Газаль у народа динка.
В 1892 году он отправляется в Берлин и совершает теперь поездки с лекциями по Германии.
В 1893 и 1895 годах он был гостем на годовом заседании Немецкого общества орнитологов. Его местожительство в это время было в Багамойо. О смерти Бондорффа ничего не известно.
Бондорфф обнаружил и описал в своих поездках несколько видов насекомых и видов (подвидов) птиц, некоторые названы в его честь:
Также один из усачей и один клоп носят его имя: