Родился в Гейдельберге в семье портного. Участвуя в профсоюзном движении, Эберт добился политических высот в Социал-демократической партии, став генеральным секретарем в 1905 году и председателем партии в 1913 году. В августе Эберт добился практически единогласной поддержки СДПГ дополнительных военных ассигнований, утверждая, что разразившаяся Первая мировая война была необходимой «оборонительной» мерой. Такая позиция руководства партии во главе с Эбертом и Шейдеманом привела к расколу в партии, вследствие чего левое и левоцентристское крыло покинуло партию в начале 1917 года, образовав Независимую социал-демократическую партию Германии.
На фоне остальных деятелей СДПГ Фридрих Эберт отличался прокайзеровскими взглядами. В беседе с принцем Максом Баденским накануне Ноябрьской революции он высказывал надежды на сохранение монархии, а провозглашение республики своим соратником Филиппом Шейдеманом считал «самовольным». Опасаясь растущего влияния коммунистического Союза Спартака, возглавляемого Розой Люксембург и Карлом Либкнехтом, а также занимавшей центристскую позицию Независимой социал-демократической партии, Эберт в конце 1918 года заключил секретную договорённость с руководством армии, представленным Людендорфом. Армия участвовала в повсеместных стычках со спартакистами, которые привели к кровавому подавлению восстания спартакистов. В то же время после правого Капповского путча, отражённого силами немецких рабочих, объявивших общегосударственную забастовку, к большинству его руководителей, многие из которых позже присоединились к НСДАП, правительство Эберта отнеслось снисходительно — как к силе, противостоящей «красной чуме».
Рейхспрезидентство Эберта ознаменовалось тяжёлым экономическим кризисом, больно сказавшимся на проигравшей войну Германии, и политической нестабильностью. В ноябре 1923 года Эберт даже вступил в конфликт с собственной партией, покинувшей коалиционное правительство Густава Штреземана. В исторической литературе присутствуют крайне противоречивые оценки деятельности Эберта. Хотя Эберт считал себя сторонником демократии, коммунисты и даже большинство соратников по партии обвиняли его в радикальных антирабочих мерах и тем самым косвенной поддержке зарождавшегося нацизма.
Скончался в связи с заболеванием аппендицитом.
Фридриха Эберта не следует путать с его сыном Фридрихом Эбертом-младшим, по иронии судьбы участвовавшим в создании ГДР и её правящей партии — Социалистической единой партии Германии.