В октябре 2007 года стал главным тренером клуба «Болтон Уондерерс». Мегсон привел команду к сохранению прописки в Премьер-Лиге. Команда не проигрывала в последних 5 матчах сезона и заняла 16 место. Мегсон был инициатором крупнейшего трансфера в истории клуба, когда в июне 2008 года был приобретен нападающий сборной Швеции Йохан Элмандер за 8,2 млн фунтов .