Генри Р. Х. Холл родился в семье сэра Сидни Приора Холла, портретиста и иллюстратора газеты The Graphic, и Ханны Холланд. Посещал Merchant Taylors' School в Лондоне, с ранних лет проявил интерес к истории и, в частности, к Древнему Египту. В возрасте 11 лет написал историю Персии, а в 16 уже неплохо разбирался в языке древних египтян.
Изучал классические науки в Колледже Святого Иоанна в Оксфорде, а также историю и язык Египта под руководством египтолога Френсиса Ллевеллина Гриффита, в 1895 году получил степень бакалавра искусств, в 1897 — магистра, а позднее, в 1920, доктора литературы.
В 1896 году Генри Холл стал работать ассистентом Э. А. Уоллиса Баджа в Британском музее, став ассистентом хранителя отделения египетских и ассирийских древностей в 1919 году. После выхода Баджа на пенсию в 1924 году занял место хранителя этого отделения, обязанности которого исполнял до самой смерти в 1930 году.
В 1903—1907 годах Холл работал на раскопках Дейр-эль-Бахри вместе с Эдуардом-Анри Навилем и Эдвардом Р. Айртоном. В 1910 и 1925 годах участвовал в экспедициях Египетского исследовательского общества в Абидосе.
В годы Первой мировой войны был прикреплён к военному отделу пресс-бюро, а в 1916 году перешёл в разведку. По выходе в отставку был посвящён в Члены Ордена Британской империи (MBE).
Научные интересы Холла не ограничивались проблемами египтологии; после войны от имени Британского музея он проводил археологические исследования в Месопотамии — в Уре и Тель-Обейде. Путешествовал по Греции и западной части Азии, опубликовал ряд работ по истории этих регионов; Холл интересовался даже историей древнего Китая.
Холл был прекрасным оратором, обладал энциклопедическими познаниями в своей области и всегда имел большой успех у публики, демонстрируя археологические находки и рассказывая об открытиях. Он часто писал короткие статьи и заметки в различные издания, было опубликовано более 100 его сообщений в академических журналах, в том числе в Journal of Egyptian Archaeology и в British Museum Quarterly. Статьи Холла есть в Cambridge Ancient History, а также в энциклопедии Британника.
После возвращения из Брюсселя с семинара египтологов Холл простудился. Он не смог оправиться от болезни и умер в Лондоне от пневмонии 13 октября 1930 года, в возрасте 57 лет.