Гонсало де Кордова родился в маленьком городке Монтилья неподалёку от Кордовы, в богатой аристократической семье. Ещё в совсем раннем возрасте (в 13 лет) был отправлен родителями к Кастильскому двору, где состоял в свите сестры короля Энрике IV — Изабеллы Кастильской (будущей королевы Испании).
Избрав в очень раннем возрасте военную карьеру, ещё юношей принимал участие во многих сражениях испанской армии. Во время войны с мусульманской Гранадой Гонсало уже заслужил большое уважение как среди рядовых солдат, так и в кругу военной аристократии. Его роль и статус в ходе войне постоянно росли.
В 1482 году Гонсало доверяют руководство армией. Здесь талант молодого военачальника раскрывается в полной мере: новаторские методы ведения войны, расчётливость, находчивость, разнообразные тактики. Кроме качеств, присущих военачальнику, Гонсало также обладал личной смелостью и отвагой, за что его уважали в армии. Так, к примеру, при осаде испанцами Монтефрио, Гонсало лично вместе со своими солдатами взбирался по осадной лестнице на вражескую стену и сражался с мусульманами.
Успех не заставил себя ждать. Во многом благодаря заслугам Гонсало де Кордовы к 1492 году, со взятием Гранады, Гранадский эмират перестал существовать, и мусульмане были вытеснены с Пиренейского полуострова. Испания праздновала триумф.
Для закрепления испанской гегемонии в Гранаде Гонсало ещё некоторое время принимал участие в небольших стычках, захватывая деревни, подавляя небольшие повстанческие движения. Из этой войны Кордова вышел уже состоявшимся генералом, способным не только применять новые тактики, но и комбинировать их с новыми технологиями того времени, в частности с порохом.
Успешные действия Гонсало де Кордовы во время войны в Гранаде привлекли внимание королевы Изабеллы I и её мужа Фердинанда II Арагонского. В 1495 году по указу королевы Гонсало отплывает на юг Италии с двухтысячным войском, чтобы помочь итальянцам отвоевать Неаполь у французской армии. Несмотря на то, что французский гарнизон не имел единого командования, в битве при Семинаре испанцам в союзе с неаполитанцами не удалось одержать над ними победу.
Это поражение вынудило Гонсало отступить, но сдаваться испанский генерал не собирался. С этого момента Гонсало де Кордова применяет тактику партизанской войны. Ввиду того, что его войско значительно уступало французскому по численности, Гонсало, вместо того, чтобы встречаться с врагом лицом к лицу на поле боя, начинает совершать набеги на французские обозы с продовольствием. Используя эту тактику, Гонсало смог таким образом и сберечь свою армию, и сорвать планы французов, взяв инициативу в свои руки. В 1496 году испанские войска захватывают Ателлу и берут в плен французского капитана Монпаньсе, менее чем за год Гонсало очистил территорию Италии от французских гарнизонов, остававшихся в крепостях, а французский гарнизон в Неаполе капитулировал.
Заявлять, тем не менее, свои права на Неаполь испанцы пока не могли по той же причине — войска Гонсало были слишком малочисленны. Поэтому в 1498 году все оккупированные французами земли вернулись во владение итальянцев. За победу над Францией Папа Римский выразил личную благодарность испанскому генералу.
В затянувшемся военном конфликте между турками и венецианцами, последние терпели поражение за поражением. В 1500 году венецианский дож Агостино Барбариго запросил помощи у Святого Престола и католических монархов. Изабелла I и Фердинанд откликнулись на этот зов. Осенью Гонсало де Кордова отправился на остров Кефалония, где в союзе с венецианцами осаждает захваченный турками Аргостолион. Под началом Гонсало работает Педро Наварро — известный военный инженер, мастер подрывов. 24 декабря, после двух месяцев осады, Педро Наварро успешно подрывает стены турецкой крепости в двух местах, начинается штурм. 80 оставшихся в живых турок капитулировали.
Вернувшись в Испанию, обогащённый новым опытом, Гонсало де Кордова полностью реформирует армию. Первым делом он разделил армию на так называемые секции или части, по стратегической роли: пехота, кавалерия, артиллерия и т. д. Такая расстановка сил позволяла Гонсало более гибко и эффективно использовать войска в сражении, в зависимости от отдельно взятой ситуации. Однако наиболее важным нововведением в испанской армии стало пороховое оружие, а именно аркебузы с плечевым прикладом, которые можно было закрепить на земле с помощью опор. Многие военачальники в то время не доверяли этому новшеству, предпочитая взамен арбалеты, по ряду причин: у аркебуз на тот момент была более низкая скорострельность, дальнобойность и точность. Гонсало же стал в этой сфере новатором: он видел в аркебузах тактическое преимущество — построение стрелков в несколько рядов позволяло уже выстрелившим бойцам отступить назад и перезарядить оружие. Ещё одним преимуществом аркебузы был грохот и дым, наводивший ужас на лошадей, вызывая сумятицу в рядах кавалерии и затрудняя тем самым её атаку. Во второй итальянской войне Гонсало де Кордова в полной мере продемонстрировал все свои новшества, благодаря ему испанская армия стала самой эффективной и действенной силой в Европе.
В 1503 году Гонсало де Кордова с армией в 9000 человек высадился на юге Италии. 21 апреля он одержал блестящую победу над французами в битве при Чериньоле. Атака французской кавалерии во главе с герцогом Немурским сокрушилась о стройные ряды испанских аркебузеров, сам французский военачальник был убит. Пехота же французов, состоявшая в основном из швейцарских наёмников, была наголову разбита неожиданной атакой с флангов испанской конницы. Это было первое сражение в военной истории, выигранное с помощью огнестрельного оружия.
В том же году испанские войска вошли в Неаполь и оккупировали город. Французы были вынуждены отступить к реке Гарильяно. Обе армии, разделённые рекой, в течение долгого времени не приступали к решительным действиям. Первым взял инициативу Гонсало: он приказал части своего войска двигаться по направлению к реке Вольтурно, чтобы убедить французов, что он отступает. Сам же испанский генерал тем временем начал готовиться к переправе. В ночь с 27 на 28 декабря испанская армия тайно переправилась через реку и неожиданно атаковала французов, которые до сего момента полагали, что противник отступает. Гонсало де Кордова вновь одерживает блестящую победу: ловко маневрируя частями армии и вновь не без помощи огнестрельного оружия, испанский генерал в конце концов зажимает французское войско в Гаете. Через несколько дней осады французы капитулировали. Испанцы праздновали триумф.
После поражения в битве при Гарильяно французская военная деятельность в Италии оказалась полностью парализована. В 1504 году в Блуа между Испанией и Францией был подписан мирный договор, по которому последние признали Неаполитанское королевство владением Испанcкой короны.
В ходе успешных кампаний в Италии Гонсало де Кордова заслужил неслыханную популярность среди своих соотечественников, его имя прогремело на всю Европу. За свои блестящие победы Гонсало получил прозвище «El Gran Capit?n» — «Великий Капитан». После смерти покровительницы Гонсало, королевы Кастилии и Леона, Изабеллы I в 1504 году, единую Испанию возглавил её вдовец Фердинанд II Арагонский. Чрезмерная популярность испанского военачальника вызвала опасения новоиспечённого монарха. По королевскому указу Гонсало вернулся в Испанию, где в своём имении в Гранаде официально отрёкся от военной службы.
1 декабря 1515 года жизнь Гонсало де Кордовы оборвалась. Врачи констатировали смерть от малярии, болезни, которую предположительно испанский генерал подхватил ещё в ходе итальянских войн.
Похоронен испанский военачальник в монастыре Сан-Херонимо в Гранаде. Его каменная гробница и по сей день находится у подножия ступеней перед алтарем.
Фигура Гонсало де Кордовы оставила большой след в мировой истории; новатор и реформатор, он радикальным образом изменил и преобразил испанскую армию. Одним из первых военачальников в сражениях он начал широко использовать огнестрельное оружие, вытесневшее вскоре с арены военной истории привычное холодное оружие. Блестящее понимание того, как нужно управлять войсками, позволило ему создать более гибкую и эффективную систему командования армией. На целое столетие Гонсало Фернандес де Кордова обеспечил военное доминирование Испании в Европе.