В 1710 он поступил в Кёнигсбергский университет, где стал изучать восточные языки, в особенности китайский, затем отправился в путешествие по Германии и, возвратившись оттуда, начал в 1717 г. читать в Кёнигсбергском университете лекции по греческой литературе. В 1725 г. Байер переселился в Петербург, где в Академии наук занял кафедру по восточным древностям и языкам; кроме работ по этим предметам, он занимался также устройством Академической гимназии.
В русской историографии Байер, не знавший русского языка, является основателем скандинавской школы. За всё время своего пребывания в Петербурге Байер принимал живое участие в судьбах Академии и ратовал за свободное её развитие. Так, он, например, составил жалобу, которую академики подали Петру II в 1729 г. на секретаря Академии Шумахера и в которой они, между прочим, ходатайствовали об утверждении академического регламента; в 1732 году разработал академический устав; в 1727 году, по отъезде академика Коля, принял на себя надзор над Академической гимназией.
Байер был в хороших отношениях с вице-канцлером Остерманом и с Феофаном Прокоповичем, который покровительствовал ему и которому посвящено одно из важнейших сочинений Байера — «Museum sinicum». Существует между прочим указание на то, что посвящение это весьма напоминает анонимную «Vita Theophanis Prokopoviz», которую Шерер напечатал в своих «Nordische Nebenstunden» (1776 г.). Будучи недоволен академическими порядками и находясь постоянно в ссоре с Шумахером, который не допускал его даже до пользования нумизматическими коллекциями Академии, Байер постоянно хлопотал о возвращении на родину. Получив наконец в 1736 г. увольнение, он отправил в Кёнигсберг свою драгоценную библиотеку, намереваясь следующей зимой уехать из Петербурга, но в феврале 1738 г. он скончался от горячки.
Богатый материал для биографии Байера из архива Академии наук разработан Пекарским в его «Истории имп. Академии наук» (I т., стр. 180—196, а также и в других местах этого сочинения), где приведен также и полный список его сочинений и их переводов.
В первых одиннадцати томах «Записок Академии» помещены некоторые переводы сочинений Байера: