Хафизулла Амин родился 1 августа 1929 года в провинции Пагман близ Кабула, в семье начальника тюрьмы. По национальности пуштун-гильзай, выходец из небольшого пуштунского племени харути (хароти). Окончил высшее педагогическое училище и научный факультет Кабульского университета со степенью бакалавра наук в области физики и математики. После получения образования Амин стал преподавателем, зам. директора и директором Кабульского лицея «Ибн Сина».
В 1957 году он получил стипендию на продолжение образования в колледже при Колумбийском университете в Нью-Йорке (США), где получил степень магистра. Там он был главой афганского землячества. Ряд источников утверждает, что в то время началось его сотрудничество с ЦРУ, не прекратившееся и позднее . В 1962 году Амин вновь отправлялся в Штаты, чтобы получить степень доктора философии, но, не получив, в 1965 году вернулся на родину.
Не в силах остановить новые выступления вооружённой оппозиции, Амин сворачивал правительственные программы, давал взаимно противоречивые обещания и даже вступил в контакт с Пакистаном. Он распустил службу безопасности Тараки и публично объявил, что с момента Апрельской революции в результате репрессий правительства Тараки погибло более 12 тысяч людей. Однако Хафизулла Амин не только не прекратил террор, а, наоборот, усилил репрессии и даже превзошёл в этом Дауда и Тараки. Политбюро ЦК КПСС на заседании 31 октября 1979 года обращается к данной ситуации:
В своей книге «Политические записи и исторические события» бывший премьер-министр Афганистана Султан Али Кештманд пишет, что эпоха Амина является пятном в истории Афганистана. Он считает, что Амину удалось взять в свои руки все рычаги власти, создав тем самым тоталитарный режим в стране.
Режим Амина не пользовался популярностью, положение президента было шатким, а смена власти в Афганистане могла привести к его выпадению из советской сферы влияния. Более того, предполагалось, что Амин сотрудничает с ЦРУ и может сблизиться с западными странами, и, это было наиболее опасным, Хафизулла мог разрешить размещение военных баз НАТО на территории своей страны. Допустить появления войск вероятного противника у своих границ руководство СССР не могло, поэтому 12 декабря 1979 года Политбюро ЦК КПСС приняло секретное постановление «К положению в Афганистане». Суть его сводилась к тому, что необходимо устранить Хафизуллу Амина, на его место поставить Бабрака Кармаля, а для стабилизации положения послать в Афганистан войска.
27 декабря началась подготовка к штурму Тадж-Бека. Советские агенты подсыпали яд в еду Амина, когда тот давал обед по случаю возвращения из Москвы секретаря ЦК НДПА Панджшири. Ничего не подозревавшие советские медики смогли спасти ему жизнь, после чего спецгруппы КГБ пошли на штурм дворца. Бой во дворце длился 43 минуты. По воспоминаниям участников, хирург Анатолий Алексеев довёл Амина до бара. Афганский лидер присел к стене, но тут раздался детский плач и откуда-то выбежал сын Амина, который, увидев отца, бросился к нему. Амин обнял его, а спустя какое-то время пять бойцов спецгруппы КГБ «Альфа» ворвались в комнату и дали очередь из автоматов. Хафизулла Амин и его сын были убиты. Ночью кабульское радио сообщило, что по решению революционного суда Амин приговорён к смертной казни и приговор приведён в исполнение. Один из советских врачей, оказывавших помощь Амину, также был убит.
Точно неизвестно, как именно погиб Хафизулла Амин. Сарвари и Гулябзой заявили, что, когда они вошли во дворец, Амин был уже мёртв и, по их мнению, он покончил с собой. По воспоминаниям одного из участников того штурма Николая Берлева:
Один из участников операции потом рассказывал:
Существует также версия, что Амин был взят живым и доставлен в советское посольство на чёрном лимузине под охраной двух танков. 30 декабря газета «Правда» официально сообщила, что «в результате поднявшейся волны народного гнева Амин вместе со своими сторонниками предстал перед справедливым революционным судом народа и был казнён». Какие бы ни были версии и факты, известно, что после штурма тело Амина завернули в ковёр и вынесли из дворца. Место захоронения бывшего правителя Афганистана до сих пор неизвестно.
Существует версия, что Амин был сотрудником ЦРУ, однако прямых доказательств этому нет. По свидетельству некоего высокопоставленного американского дипломата,
Доктор исторических наук Юрий Кузнец, в 1979—1987 годах работавший политическим советником при ЦК НДПА, отмечал:
Бывший министр финансов ДРА Абдул Карим Мисак считал Амина сталинистом и пуштунским националистом, но не агентом ЦРУ. Он отмечал, что Амин «всячески раздувал собственный культ, причём жажда известности не только в Афганистане, но и во всём мире — эти его амбиции в буквальном смысле не знали границ». Амин имел «талант крупного организатора», «прогресса во всём он стремился добиться очень быстро, сию минуту». Амин с восторгом рассказывал о Фиделе Кастро, завидовал его авторитету, популярности и героическому прошлому. Он с особым воодушевлением рассказывал о встречах с Кастро на Кубе, о своём присутствии на заседаниях Политбюро Коммунистической партии Кубы
Бывший член Политбюро ЦК НДПА Шараи Джаузджани вспоминал, что Амин был человек «мужественный, полный энергии, всегда общительный». «Любое сопротивление искоренял беспощадно». Он считал Амина левым догматиком, нетерпимым к инакомыслию, который до какого-то момента преклонялся перед Тараки, искренне клялся в дружбе к СССР. Амин заявил советской делегации — «Я больше советский, чем вы». Он планировал создать конституцию, которая содержала бы тезис о диктатуре пролетариата, превращала бы Афганистан в союзное государство по образцу СССР, с пуштунской, таджикской, белуджской и пр. союзными республиками
Генерал-майор Василий Заплатин, советник при начальнике ГлавПУРа ВС ДРА, в 1979 году охарактеризовал Амина как «верного и надёжного друга Советского Союза и всесторонне подготовленного лидера Афганистана», и привёл такой пример: «Амин всегда признавал всего два праздника в году: 7 ноября и 9 мая, то есть день Великой Октябрьской революции и День Победы над фашизмом. В эти два праздника он мог позволить себе выпить сто граммов водки, в другое время он никогда спиртное не употреблял».