Старший брат Хакана — Мурат Якин — в прошлом также футболист, игрок сборной Швейцарии, в настоящее время главный тренер швейцарского футбольного клуба «Люцерн».
Воспитанник базельской «Конкордии». На родине играл за «Базель», «Грассхопперс», «Санкт-Галлен». Он поиграл за границей, в таких клубах, как «Штутгарт» и «Галатасарай», но за два сезона, проведённых там, не забил ни одного гола. В 2005—2008 годах вновь играл на родине, в клубе «Янг Бойз». Участник Евро-2008.
В июне 2009 года подписал двухлетний контракт с клубом «Люцерн».