Хамад ибн Иса аль-Халифа родился 28 января 1950 года в семье Исы ибн Салмана аль-Халифа, ставшего хакимом, а затем эмиром независимого Бахрейна. 27 июня 1964 года Хамад был объявлен наследником престола. Обучался в Leys School в Кембридже, затем в 1968 году он окончил Mons Officer Cadet School в Альдершоте (графство Гэмпшир, Великобритания). По возвращению в том же году домой ему было поручено создание сил обороны Бахрейна в связи с предстоящим в 1971 году выводом британских войск из региона. Прошел курс военного обучения в Военно-командном училище армии США в Форт-Ливенворте (штат Канзас) и в Королевской военной академии в Сандхёрсте (Великобритания). После обретения Бахрейном независимости в 1971 году он стал первым министром обороны страны, оставаясь в этой должности до 1988 года. В качестве министра обороны Хамад курировал расширение вооружённых сил Бахрейна и особенно участвовал в формировании военно-воздушные силы страны. Вместе с этим Хамад с 1975 по 1999 год являлся председателем Верховного совета по делам молодёжи и спорта.
6 марта 1999 года скончался эмир Иса бен Салман аль-Халифа. В тот же день Хамад был провозглашён новым эмиром страны.
На референдуме, прошедшем 14 и 15 февраля 2001 года, была одобрена Хартия национальных действий, в котором 98,41 % избирателей проголосовали в пользу документа. Король провёл ряд политических реформ, в том числе, объявил политическую амнистию, предоставил политические права женщинам и предоставил им право участвовать в выборах.
В 2002 году выступил против войны США в Ираке.
Зимой 2010—2011 гг. в странах арабского мира началась волна демонстраций и протестов, вызванные разными причинами, но направленные главным образом против правящих властей. 14 февраля на улицы различных городов и поселений страны вышли тысячи протестующих, в основном мусульман-шиитов. В ходе столкновения с полицией в этот и следующий день погибли два человека. Вскоре волнения с требованиями политических реформ охватили страну, демонстранты разбили палаточный городок на Жемчужной площади в Манаме.
19 февраля король поручил наследному принцу Салману провести переговоры "со всеми без исключения политическими силами страны", а спустя два дня приказал отпустить из тюрем заключенных-шиитов. Для охраны стратегических объектов правительство Бахрейна пригласило в страну иностранные войска и уже вечером 13 марта тысячи саудовских военнослужащих прибыли в Бахрейн, чуть позже к ним присоединились ещё около 500 полицейских из ОАЭ. Через два дня Хамад II ввёл в стране чрезвычайное положение сроком на три месяца. 21 марта король Хамад объявил о раскрытии заговора: "Внешний заговор разжигался на протяжении 20-30 лет, пока не созрела почва для подрывных планов... Сегодня я объявляю, что разжигавшийся заговор провалился".
9 октября 1968 года шейх Хамад женился на своей двоюродной сестре — шейхе Сабике бинт Ибрагим аль-Халифа, от брака с которой у него родились три сына — шейхи Салман (1969 г.р.), Абдалла (1975 г.р.) и Халифа (1977 г.р.), а также дочь Наждла (1981 г.р.). От второй жены Шеиа бинт Хасан аль-Храййеш аль-Аджми у Хамада II родились сыновья Насер (1987 г.р.) и Халид (1989 г.р.).
Третьим браком Хамад сочетался с дочерью шейха Фейсала бин Мухаммада бин Шураима аль-Марри, которая родила королю сына Фейсала (1991 г.р.) и двух дочерей Шейху Нуру и Шейху Муниру. Принц Фейсал погиб 12 января 2006 года в возрасте 15 лет.
Четвёртой женой Хамада стала дочь Джабора аль-Наими, родившая ему сына Султана и дочерей Шейху Хесса и Шейху Рима.
С 15 февраля 1979 года кавалер Большого креста ордена Святых Михаила и Георгия (Великобритания).