Проработав какое-то время в торговом флоте США, Кокс поступил на факультет истории Пенсильванского университета и в 1951 году окончил его с отличием получив степень бакалавра истории. В 1955 году он получил степень бакалавра богословия от Йельского института богословия Йельского университета и в 1963 году докторскую степень по истории и философии религии от Гарвардского университета.
Харви Кокс был посвящён в сан баптистского пресвитера в 1957 году и стал доцентом Богословской школы Андовера Ньютона в Массачусетсе. В Гарвардском институте богословия он начал преподавать в 1965 году и в 1969 году стал профессором.
Харви Кокс получил известность после публикации в 1965 году книги под названием «The Secular City». Для книги по теологии она стала необычайно популярной и разошлась миллионным тиражом. Кокс выдвинул тезис, что церковь является прежде всего не организацией, а группой верующих людей готовых действовать в согласии со своей верой. Он доказывал, что «Бог присутствует одинаково как в светской так и в религиозной сфере жизни». Перестав быть закрытой религиозной группой, церковь должна возглавить перемены в обществе, превознося пути нового духовного выражения в мире. Такие фразы как «присущий конфессиональным церквям консерватизм не позволяет им оставить свои дворцы и присоединится к постоянной божественной революции в истории» (стр. 206) могут рассматриваться как угрожающими статус-кво и некоторыми даже как приветствие социальной революции 1960-х годов.
В монументальном историческом труде Тейлора Бренча «Parting the Waters», автор описывает случай, когда Харви Кокс организовал ужин, на котором Мартин Лютер Кинг познакомился с людьми, в будущем ставшими его ближайшими соратниками и советниками в его деятельности как борца за гражданские права и свободы.
Харви Кокс ушёл на пенсию в сентябре 2009 года. В это же время вышла новая монография Кокса, «The Future of Faith» («Будущее веры»), в которой он выделяет три важнейшие тенденции в христианстве, проявившиеся за 2000 лет его истории. Автор называет первые три века в истории христианской религии «эпохой веры», в ходе которой христиане просто принимали учение Иисуса Христа. В последовавшей за этим эпохе, церковные лидеры всё больше и больше устанавливали контроль и приемлемые ограничения на доктрину и ортодоксию. Но в последние 50 лет истории христианства, по мнению Кокса, царит «эпоха духа», в которую христиане всё больше и больше игнорируют догму и принимают духовность, одновременно с этим находя точки соприкосновения с другими религиями.