Наследственный вассал рода Мацудайра, впоследствии известного как род Токугава (англ.). Служил Токугаве Иэясу в войнах становления сёгуната. За свирепость в бою получил прозвище Дьявол Хандзо (яп. ??? Они Хандзо:?). Не следует путать с другим известным самураем, служившим Токугаве — Ватанабэ Морицуной (англ.) по прозвищу Копьё Хандзо (яп. ??? Яри Хандзо:?).
Отец Хандзо, Хаттори Юсанага (яп. ?? ???), был ниндзя из провинции Ига. Хотя Хандзо родился и вырос в провинции Микава, он много жил и в Иге. Хандзо считался отличным фехтовальщиком, копейщиком и военным тактиком. В 16 лет впервые принял участие в боевых действиях, в ночном нападении на замок Удо. Участвовал в битвах при Анэгаве (1570) и при Микатагахаре (1572), но его самый ценный вклад в дело Токугавы был после смерти Оды Нобунаги в 1582 году. После переворота Токугаве пришлось срочно бежать из Осаки в Микава; Хандзо посоветовал маршрут через горы Иги, так как был уверен, что сможет убедить местных ниндзя помочь Токугаве. Ночью он развел сигнальные костры на горе и уже к утру собрал небольшой отряд ниндзя из Иги и Коги. Это позволило отряду Токугавы успешно добраться до Микава и не попасться войскам Акэти Мицухидэ. В 1590 году Токугава переехал в Эдо (будущий Токио), и Хандзо был назначен командиром отряда из 200 ниндзя из Иги, который охраняли задние ворота замка.
Хаттори Хандзо умер своей смертью в 1596 году в возрасте 55 лет. Его наследником стал восемнадцатилетний старший сын, тоже по имени Масанари, но пишущемуcя другими иероглифами (??). Масанари-младший получил звание «Ивами-но-Ками», и его люди работали в качестве охранников замка Эдо.
Наследие Хандзо — Ворота Хандзо (яп. ??? Хандзо:мон?) Императорского (бывшего сёгунского) дворца в Токио и линия токийского метро Хандзомон (Tokyo Metro Hanz?mon Line), которая проходит от центрального Токио в юго-западном направлении, и названа в честь дворцовых ворот. Хандзо похоронен на кладбище основанного им же храма Сайнэн (яп. ????) в Синдзюку в Токио. В храме также хранятся его любимые копья и его парадный шлем.