Хоакин Капаррос — воспитанник «Реала», где сделал первые шаги в футболе, как игрок, в клубе «Плюс Ультра», но карьеры футболиста у Капарроса не вышло. Поиграв еще в трех клубах, среди которых был «Леганес», он завершил карьеру игрока, и в 26 лет стал тренером.
До 1996 года Капаррос работал в малоизвестных и любительских клубах из низших дивизионов, самым известным из которых был «Конкенсе», с которым он занял 2 место в группе Терсеры, но не смог выиграть плей-офф. В сезоне 1999/00 возглавлял региональную сборную Кастилии-Ла-Манчи, это был его первый приход в подобные сборные.
В 1996 году Капарроса пригласили в его первый профессиональный клуб — «Рекреативо». Команда в то время играла в третьем по силе дивизионе — Сегунде Б.Он отработал в старейшей команде Испании 3 года. В первом сезоне у руля клуба Капаррос занял 4 место в чемпионате, но снова уступил в плей-офф. На втором году работы клуб занял 2 место, и на этот раз плей-офф был выигран, что давало право на повышение в Сегунду. Сезон 1998/99 команда провела в Сегунде и заняла 12 место.
Капаррос ушел из «Рекреативо», два года руководил сборной Андалусии, год — клубом «Вильярреал», который вывел в Примеру с 3-го места в Сегунде.
В 2000 году Капарроса пригласили в «Севилью», только что уволившую Хуана Карлоса Альвареса. Капаррос остался в клубе на 5 лет. Начинать пришлось снова с Сегунды, куда «Севилья» вылетела сезон назад вместе с «земляками» из «Бетиса». Примечательно, что вместе с «Бетисом» команда Капарроса и вернулась в Примеру, с первого места в Сегунде. В «Севилье» Капаррос раскрыл таланты таких футболистов как Карлос Марчена, Хосе Антонио Рейес , Хесули и Серхио Рамос. Будущие приобретения, такие как Жулио Баптиста, Адриано, Даниэл Алвес и Ренато вселяли надежду на достижение командой Капарроса зоны еврокубков и успех на домашней арене, но он был уволен и заменен на Хуанде Рамоса, прежде чем сумел чего-то достичь.
Летом 2005 года Капаррос переехал в Галисию, приняв «Депортиво» из Ла-Коруньи, который покинул известный и успешный Хавьер Ирурета. В команде Капаррос отработал два сезона, но в конце 2007 года после того, как клуб занял 13 место в Ла Лиге, Капаррос был уволен.
В том же 2007 году Капаррос получил приглашение из клуба «Атлетик» из Бильбао. С командой из Басконии Капаррос достиг финалов Кубка и Суперкубка Испании в 2009 году, уступив оба «Барселоне».
4 октября 2011 года назначен на пост главного тренера «Мальорки». Контракт подписан сроком до конца сезона 2011/12. Сменил на этом посту Микаэля Лаудрупа.