15 августа 2009 года, Хонатан был вызван на матч за Суперкубок Испании против «Атлетика», но в игре участия не принял. В том же году он получил испанский паспорт и получил возможность сыграть за основную команду. Дебютировал за «Барселону Атлетик» 5 сентября в матче против «Мальорки B». В Кубке Испании дебютировал 28 октября 2009, заменив Сейду Кейта на 80-й минуте. 24 ноября дебютировал в Лиге чемпионов, в матче против «Интера».