После завершения своей футбольной карьеры Фоссати стал футбольным тренером. Он тренировал такие уругвайские клубы, как «Ривер Плейт» (Монтевидео), «Пеньяроль», «Данубио», и иностранные — парагвайский «Серро Портеньо», аргентинский «Колон» из Санта-Фе и эквадорский ЛДУ Кито. В 2004 году Хорхе Фоссати был назначен главным тренером сборной Уругвая. Проведя с ней отборочный цикл к Чемпионату мира 2006 года в Германии и не добившись приемлемого результата (сборная Уругвая проиграла в стыковых матчах сборной Австралии), Фоссати был вынужден уйти в отставку. В 2006 году он получил предложение поработать с действующим на тот момент чемпионом Катара — клубом «Аль-Садд». За год работы в команде Хорхе Фоссати смог привести её к 11-му в истории чемпионству. Затем он тренировал сборную Катара, сменив на этом посту Джемалудина Мушовича.
В 2009 году Фоссати привёл ЛДУ к победе в Рекопе и Южноамериканском кубке. 13 декабря 2009 было объявлено о подписании Фоссати годичного контракта с бразильским «Интернасьоналом».