В 1970—1988 состоял в рядах «Фракции Красной Армии» и считается одним из её основателей. В 1970 был арестован за соучастие в организации ограблений банков и побегов из тюрьмы. В 1970—1980 гг. сидел в тюрьме. В 1970 и в 1988 гг. был адвокатом на процессах против членов «Фракции Красной Армии». Также представлял в суде жену убитого полицейским Бенно Онезорга. В 1970 году вместе с членами РАФ бежал в Иорданию. 8 октября 1970 года был задержан в Берлине и позже приговорен к 14 годам заключения по обвинению в ограблении банка и освобождении заключенного Баадера. Его защиту взял на себя будущий министр внутренних дел Отто Шили. В 1980 году благодаря стараниям его тогдашнего адвоката, будущего канцлера ФРГ Герхарда Шрёдера, Малер был досрочно освобожден. В 1987 году Верховным судом ФРГ Малеру было вновь разрешено заниматься адвокатской деятельностью. В этом процессе его интересы представлял также Г.Шрёдер.
В 2000 году стал юридическим консультантом Национально-демократической партии Германии, однако уже в 2003 вышел из партии. От Малера часто слышали антисемитские высказывания, за что его приговаривали к различным срокам заключения.
23 ноября 2007 г. был приговорён в Германии к шести месяцам заключения. В конце февраля 2009 г. был приговорён в Мюнхене к шести годам заключения без возможности досрочного освобождения. 11 марта 2009 г. 73-летний Малер был приговорён в Потсдаме к дополнительным пяти годам заключения. 19 марта 2009 г. его жена Сильвия Штольц, бывший преподаватель университета и адвокат, также была приговорена к тюремному заключению «за отрицание холокоста».