Фонсека начинал свою карьеру в клубе «Ребосерос» из города Ла-Пьедад. Через два года он перешёл а клуб «Пумас УНАМ». В 2004 году он помог «пумам» стать чемпионами Мексики, после чего перешёл в «Крус Асуль». После чемпионата мира 2006 года он перешёл в португальскую «Бенфику», однако сыграл за неё только 8 официальных матчей. Зимой 2007 года он перешёл в «УАНЛ Тигрес», где и играет до сих пор.