Браун — воспитанник клуба «Эстудиантес», за который выступал первую половину своей карьеры футболиста. Вместе со «львами» Браун выиграл два чемпионата Аргентины. В 1986 году, уже будучи игроком колумбийского «Атлетико Насьоналя», Браун стал чемпионом мира. Причём, в финальной игре он открыл счёт, забив свой единственный мяч за карьеру в сборной.
По окончании карьеры игрока стал тренером. Сначала некоторое время работал помощником тренера и тренером вторых команд у Оскара Руджери в «Сан-Лоренсо» и у Карлоса Билардо в «Боке Хуниорс». Затем действовал в тренерском тандеме с Эктором Энрике в двух клубах — «Альмагро» и «Нуэва Чикаго».
В конце 2007 года возглавил сборную Аргентины среди футболистов до 17 лет. В его обязанности входит взаимодействие с тренером сборной до 20 лет — бывшим партнёром по сборной времён игровой карьеры Серхио Батистой. Хосе Луис Браун вошёл в тренерский штаб сборной Аргентины на пекинской Олимпиаде, помогая Батисте. Сборная Аргентины во второй раз подряд стала олимпийским чемпионом.