Он родился 25 мая в 1787 в имении Труд-де-ла Трое, Агуаскальентес. Он был старшим из четырех детей.
Его детство прошло в Агуаскальентесе и Гвадалахаре . Он изучал право в Мехико, где он поступил в Сан-Ильдефонсо, Королевский и Папский университет Мексики. В этом университете стал адвокатом, а также экономистом и историком.
В последние годы Новой Испании, Боканегра работал в Королевском суде и был почетным членом коллегии адвокатов. Он вступил в План-де-Игуала и в январе 1822 был избран заместителем в первый учредительный съезд, для оказания помощи в создании Конституции 1824 года.
26 января 1829 был назначен министром внутренних дел и внешних связей. По состоянию на 1 апреля того года, занимал эту должность в правительстве при Висенте Герреро.
18 декабря года 1829 Боканегра вступил в должность президента и занимал этот пост до 23 декабря того года. В ночь на 22 декабря мексиканские города взбунтовались в пользу Анастасио Бустаманте. Боканегра сдался.
Он был вновь назначен Антонио Лопесом де Санто-Анной министром иностранных дел и занимал этот пост с 1841 по 1842, 1843 и 1844 годах. Он занимал тот же пост при Николя Браво и Валентине Канализо.
В 1844 он ушел из политики, чтобы посвятить жизнь работе адвоката.
Он умер в своем доме в деревне Сан-Энжел 23 июля в 1862 году в возрасте 75 лет. Его останки расположены в приходской церкви Сан-Энжел.
Он был женат на Марии де Хесус Карранцо,от которой у него было три дочери.